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El registro es una de las tareas más importantes dentro del procesamiento de imágenes, consiste en encontrar una transformación geométrica que relacione los puntos de una imagen y otra con el fin de corregir las diferencias de tamaño, posición, orientación o distorsión espacial que pueda presentarse, de manera que sea posible una comparación directa entre ellas que facilite el análisis por parte del especialista, ya sea para el diagnóstico de una enfermedad o para la planeación de una cirugía extereotáxica. En los últimos años se han propuesto técnicas de registro multimodal, especialmente entre imágenes CT (Tomografía computarizada) y MRI (Resonancia magnética), sin embargo, algunos de los problemas que aún se presentan permanecen sin resolver, y por ello son un campo activo de investigación. Debido a los problemas de exactitud que presentan los modelos de registro rígidos y no rígidos unimodales, los cuales aún no alcanzan la precisión necesaria para aplicaciones de neurocirugía y la necesidad de contar con herramientas de neuronavegación para el apoyo en la planeamiento de cirugías derivadas de procesos de neurocirugía, este artículo propone el desarrollo de una herramienta para el registro de estructuras cerebrales 3d utilizando técnicas de procesamiento de imágenes. Los resultados evidencian que una herramienta de registro permite emparejar un determinado atlas cerebral a un registro histológico de un determinado paciente, además que del sistema desarrollado permite su ejecución en línea lo cual beneficia la funcionalidad del sistema en procesos de neurocirugía.