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Aus Briefen und unveröffentlichten Dokumenten können wir die langen und schwierigen Verhandlungen rekonstruieren, die zu Helmholtz' Berufung an die Universität Heidelberg und später zu seiner Berufung nach Berlin führten. Bereits 1851 hoffte Helmholtz auf eine Heidelberger Berufung. Jedoch wurde aus diesen Plänen nichts, als sein Fürsprecher J. Henle 1852 Heidelberg verließ. Erst 1857 nahm die Regierung des Großherzogs von Baden wieder Berufungsverhandlungen mit Helmholtz auf. Es war hauptsächlich R. W. Bunsen, der Chemiker und Freund Helmholtz', dessen private und amtliche Fürbitte für die Ernennung von Helmholtz entscheidend war. Es folgten ermüdende taktische Manöver von Helmholtz und der preußischen Regierung. Helmholtz wollte Bonn (Preußen) verlassen, Prinz Wilhelm und Königs Friedrich Wilhelm IV. von Preußen wollten ihn behalten. Im September 1858 war Helmholtz endlich in der Lage den neu eingerichteten Lehrstuhl für Physiologie in Heidelberg zu ungewöhnlich günstigen Bedingungen zu übernehmen: er erhielt ein großzügiges Gehalt, ein neu erbautes Institut ("Friedrichsbau") und eine beträchtliche Summe für dessen Ausstattung/Unterhalt. Nach wiederholten Versuchen der preußischen Regierung und auf ausdrücklichen Wunsch des Deutschen Kaisers Wilhelm I., verließ Helmholtz im Jahr 1871 Heidelberg und übernahm zu besonders günstigen Bedingungen den Lehrstuhl für Physik in Berlin.