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<p>As espécies nativas de peixes no Brasil tem alto potencial para utilização dentro da piscicultura, porém, seus estoques naturais vêm sofrendo redução nos últimos anos. Para diminuir esse impacto negativo, estudos voltados à conservação estão sendo realizados e cada vez mais, a obtenção de ferramentas genéticas que permitam a discriminação de parâmetros populacionais toma maior importância. Objetivou-se através do presente estudo avaliar um conjunto de <em>primers </em>microssatélites heterólogos em jundiá (<em>Rhamdia quelen</em>) e piapara (<em>Leporinus elongatus</em>). Foram analisadas amostras de nadadeira caudal de 15 reprodutores de cada espécie. A extração de DNA foi realizada utilizando o protocolo com NaCl. A integridade do DNA extraído foi checada em gel de agarose 1%. Foram avaliados 20 <em>primers </em>desenvolvidos para as espécies: <em>Piaractus mesopotamicus</em>, <em>Colossoma macropomum</em>, <em>Prochilodus lineatus</em>, <em>Brycon opalinus </em>e <em>Oreochromis niloticus. </em>Foi observada amplificação cruzada de quatro <em>primers </em>das espécies <em>B. opalinus </em>e <em>P. lineatus </em>(BoM12, Pli43 e Pli60 em <em>R. quelen </em>e BoM2, Pli43 e Pli60 em <em>L. elongatus</em>). Os <em>primers </em>de <em>P. mesopotamicus</em>, C<em>. macropomum </em>e <em>O. niloticus </em>não mostraram amplificação cruzada nas duas espécies analisadas. Os resultados indicaram a possibilidade de uso dos três <em>primers </em>heterólogos amplificados em estudos genéticos em <em>R. quelen </em>e <em>L. elongatus</em>.</p>