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Tese de Doutoramento em Ciências Veterinárias, especialidade de Clínica ; The development of species-specific protocols for on-farm welfare assessment represents a major concern for the European Union agricultural policy. Proper welfare assessment demands for the use of valid, reliable and feasible animal-based welfare indicators. The literature and policy-makers recognise the need for advancing knowledge in this area. This thesis aims at developing and integrating animal-based indicators in on-farm welfare assessment protocols, focusing on dairy goat farms. Specifically, this thesis contributes to literature in three areas. First, it contributes to the identification of animal-based welfare indicators that should be included in welfare assessment protocols. We conducted a literature review that allowed for the recognition of the need for future research in the indicators' psychometric properties, such as reliability and feasibility. Secondly, this thesis develops tools to assist the measurement of body condition and lameness. For body condition, we developed a visual body condition scoring system (BSC). Our approach requires minimum animal handling without compromising a valid and reliable individual assessment of the goats. With respect to lameness we developed a websurvey that allowed us to collect observer's ratings of goats lameness condition. Our survey showed that observers were only able to consistently assess severely lame goats, a finding which is important towards the integration of the indicator in assessment protocols. The observers' ratings also showed that the numerical rating scales should only be used considering their ordinal level of measurement. This directs research towards the development of scoring systems with higher levels of measurement, like the modified visual analogue scales. Third, this thesis contributed to the development of a welfare assessment protocol that integrated and tested the two studied indicators (BCS and lameness). Such protocol was implemented in 30 Portuguese farms and provided insights into the main welfare problems affecting intensively kept dairy goats in our country (claw overgrowth, queuing at feeding, very fat animals), which is paramount to improve dairy goats' welfare. Research conducted for this thesis has practical implications for both welfare assessment research and to the goat industry in general. Ultimately, through the development of adequate assessment tools, it integrates the welfare issue into the food chain, meeting the consumers' expectations in the development of a sustainable food production system. ; RESUMO - Desenvolvimento e integração de indicadores de bem-estar animal, incluindo dor, em explorações de cabras em Portugal - A elaboração de protocolos de avaliação de bem-estar específicos para cada espécie pecuária é uma preocupação da política agrícola europeia. A literatura da área de bem-estar animal identifica a criação de instrumentos de medição como o primeiro passo para a elaboração destes protocolos. Esta tese tem como objetivo desenvolver e integrar indicadores para incluir em protocolos de avaliação para utilizar em explorações de cabras de aptidão leiteira. Esta tese apresenta três contributos para a literatura de bem-estar animal. Em primeiro lugar, contribui para a identificação de indicadores, baseados nos animais, com potencial para integração em protocolos de avaliação. A revisão bibliográfica realizada permitiu reconhecer a necessidade premente de investigação nesta área, dado que a maior parte dos indicadores necessitam de ser testados e validados. Em segundo lugar, esta tese desenvolve ferramentas para apoiar a avaliação da condição corporal e da claudicação. Para a condição corporal foi criado um sistema visual de avaliação considerado válido e repetível, e que apenas necessita de uma breve contenção dos animais para ser utilizado. Relativamente à claudicação foram recolhidas participações de observadores relativamente à observação de vídeos de cabras com diferentes níveis de claudicação. A análise destas observações permitiu concluir que os participantes apenas são consistentes a avaliar os casos mais graves de claudicação, facto importante para a integração do indicador em protocolos de avaliação. As classificações dos observadores mostraram ainda que as escalas numéricas em uso apenas podem ser utilizadas considerando um nível ordinal de medição. Este facto abre o caminho para o desenvolvimento de escalas com níveis mais elevados de medição, como as escalas visuais analógicas modificadas. Em terceiro lugar, esta tese desenvolve um protocolo de avaliação que inclui e testa os indicadores condição corporal e claudicação. Este protocolo permitiu investigar sobre os maiores problemas de bem-estar que afetam as explorações intensivas de leite de cabra em Portugal (sobre crescimento das unhas, filas na manjedoura, animais gordos), sendo esta informação fundamental para analisar como melhorar o bem-estar das cabras de leite. A investigação conduzida no âmbito desta tese apresenta implicações práticas tanto para o estudo do bem-estar animal, como para a exploração de leite de cabra. O desenvolvimento de ferramentas adequadas de avaliação permite a integração da valoração do bem-estar na cadeia de produção, indo ao encontro das expectativas dos consumidores para a concepção de sistemas mais sustentáveis de produção de alimentos.