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Plus de 80 % de la production de café arabica provient d'Amérique latine alors que l'espèce est originaire d'Afrique. La base génétique du caféier Arabica introduite en Amérique latine au XIX e siècle se limite à deux populations peu différentes (Bourbon et Typica). Malgré le handicap d'une base génétique étroite, les chercheurs ont créé dans les années 1950 à 1980 des variétés lignées très bien adaptées à l'intensification de la culture et présentant une qualité considérée comme un standard. Avec l'arrivée de la rouille orangée, des gènes de résistance de l'espèce diploïde C. canephora ont été transférés dans ces variétés améliorées. Des lignées combinant des résistances à plusieurs maladies et présentant une qualité à la tasse équivalente ou inférieure au standard ont été développées dans les années 1980 à 2000. À partir de 1990, face aux nouvelles exigences du marché, de nouvelles variétés hybrides F1 ont été sélectionnées pour l'adaptation à une agriculture écologiquement intensive basée sur l'agroforesterie. Après une vingtaine d'années d'expérimentations en milieux contrôlés ou chez les producteurs, il apparaît que les hybrides F1 produisent 30-60 % de plus que les meilleures lignées en systèmes agroforestiers, sans apport supplémentaire d'engrais. Aujourd'hui, le progrès génétique ainsi créé est plutôt mal diffusé. Dans de nombreux pays, les variétés sont propagées sans aucun contrôle de leur pureté variétale. Aucun catalogue variétal n'existe et les informations qui parviennent aux producteurs sont largement insuffisantes pour qu'ils puissent raisonner leur choix variétal en fonction de leur système de culture ou des exigences du marché. Pour une culture industrielle d'une telle importance économique, la faiblesse des recherches en amélioration génétique pour une filière semencière dynamique est frappante. La raison en est que la production de semences améliorées n'est pas rentable pour le secteur privé. Là où l'État s'est désengagé, il faut donner la possibilité à ce secteur d'investir dans la recherche et dans la production de semences de qualité.

Parmi les techniques possibles de micropropagation, la multiplication végétative par embryogenèse somatique est de loin la plus prometteuse pour la diffusion rapide et à grande échelle d'individus élites. Pourtant à ce jour, il n'existe que de très rares exemples de procédés de propagation par embryogenèse somatique appliqués au niveau commercial. Les verrous sont multiples et se situent le plus souvent au niveau d'un effet génotypique important en particulier pour l'obtention de tissus embryogènes, au niveau de la qualité des embryons somatiques régénérés, de l'incidence de variations somaclonales et plus généralement au niveau du manque de reproductibilité et d'efficacité de certaines étapes, conduisant à des coûts de production jusqu'ici prohibitifs. Les recherches sur l'embryogenèse somatique du caféier ont débuté dans différents instituts, y compris le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad), dès la fin des années 1970. Entre 1995 et 2001, le Cirad a fait évoluer la technique utilisée à l'échelle d'un laboratoire de recherche vers un procédé permettant la diffusion industrielle d'hybrides F1 de Coffea arabica extrêmement prometteurs. Au cours de cette période, deux innovations technologiques ont rendu le transfert industriel économiquement possible : la production en masse d'embryons somatiques en bioréacteurs à immersion temporaire et la possibilité de les semer directement en pépinière. Parallèlement, des données rassurantes concernant la conformité génétique des plantes régénérées étaient obtenues (fréquence de variations somaclonales?<\;?3 %). En 2002, le Cirad en partenariat avec le groupe ECOM a décidé le transfert industriel de la méthode d'embryogenèse somatique pour diffuser en Amérique centrale quatre clones d'hybrides d'Arabica sélectionnés pour des systèmes de culture agroforestiers. Le présent article décrit chez le caféier les différentes étapes et les difficultés qui ont dû être surmontées jusqu'à un transfert technologique réussi en 2010 et à un des tout premiers exemples d'application commerciale de la technique d'embryogenèse somatique.