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Resumen La importancia del manejo del 'ají' (Capsicum spp.) por los habitantes del Perú prehispánico ha quedado evidenciado por la buena preservación de sus frutos y semillas en el registro arqueológico. Su abundancia requiere contar con una metodología para su determinación taxonómica. En este trabajo se realiza la caracterización morfométrica de semillas actuales domesticadas de Capsicum que sirven de referencia para comparaciones con semillas arqueológicas. A partir de datos descriptivos y morfométricos de estas semillas actuales se elaboró un modelo predictivo mediante el algoritmo Gradient Boosting Regression Model (GBM). Las variables de mayor contribución para la predicción en semillas actuales y arqueológicas fueron: largo de semilla, altura del pico y largo del hilum. El porcentaje de predicción correspondió a 22.13 %, se deduce que las semillas arqueológicas procedentes de Huaca Pucllana (Lima-Perú), asociado al Intermedio Temprano (555-650 d.C.) sugieren semejanza con semillas de C. baccatum L. 'ají amarillo'. Sobre esta información, se propone que en Pucllana hubo un manejo de la variabilidad genética de esta especie, resultado de la intensificación de su cultivo e influenciado por preferencias de consumo. Un ejemplo es su recurrencia en contextos de índole ceremonial, cuya asociación con otros sitios podría referirse a una 'tradición' costeña.