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National audience ; En matière de santé, les prérogatives des Etats sont encore particulièrement fortes, nous sommes là en présence d'un des derniers bastions étatiques qui est donc porteur de profondes inégalités spatiales et sociales, d'autant plus inacceptables que les chances de guérison d'un patient peuvent varier énormément selon de quel côté de la frontière il réside. Les assurés sociaux franchissent donc les frontières soit pour avoir accès à des soins qu'ils jugent de meilleure qualité, soit pour avoir accès à des prestations moins chères (dentistes au Maroc, en Hongrie, chirurgie esthétique en Bulgarie etc.). La mondialisation des soins est une réalité émergente. Simultanément, les Etats s'organisent pour exercer une fonction de régulation, mais aussi pour jouer sur les complémentarités en services, ou en équipements coûteux, ou bien encore, pour faciliter la proximité des soins à des patients aux pathologies lourdes (radiothérapie, dialyse, transport de grands brûlés). De plus, face à certaines maladies infectieuses, la coopération entre Etats, à travers, la mise en place de protocoles communs, et de partage d'expériences, s'avère nécessaire, de même que pour la gestion de crise sanitaire ou d'urgences. Dans chacune de ces situations, l'interface est présente, et nous proposons de l'étudier grâce à la grille de lecture commune. Les interfaces sanitaires abordées ici se déclinent en trois catégories : les interfaces qui reposent sur des opérations de coopération transfrontalière, les interfaces de type « tourisme sanitaire », et enfin celles engendrées par les opérations de grandes envergures de type « crise », suite par exemples à des catastrophes naturelles ou des crises politiques. Les interfaces sanitaires de type «coopération transfrontalière» A. Le long des frontières de l'Europe… La coopération transfrontalière sanitaire permet de passer du niveau international au niveau régional, voire euro-régional, et dans tous les cas d'amener de la cohérence régionale au sein d'espaces qui ont pu évoluer ...

National audience ; En matière de santé, les prérogatives des Etats sont encore particulièrement fortes, nous sommes là en présence d'un des derniers bastions étatiques qui est donc porteur de profondes inégalités spatiales et sociales, d'autant plus inacceptables que les chances de guérison d'un patient peuvent varier énormément selon de quel côté de la frontière il réside. Les assurés sociaux franchissent donc les frontières soit pour avoir accès à des soins qu'ils jugent de meilleure qualité, soit pour avoir accès à des prestations moins chères (dentistes au Maroc, en Hongrie, chirurgie esthétique en Bulgarie etc.). La mondialisation des soins est une réalité émergente. Simultanément, les Etats s'organisent pour exercer une fonction de régulation, mais aussi pour jouer sur les complémentarités en services, ou en équipements coûteux, ou bien encore, pour faciliter la proximité des soins à des patients aux pathologies lourdes (radiothérapie, dialyse, transport de grands brûlés). De plus, face à certaines maladies infectieuses, la coopération entre Etats, à travers, la mise en place de protocoles communs, et de partage d'expériences, s'avère nécessaire, de même que pour la gestion de crise sanitaire ou d'urgences. Dans chacune de ces situations, l'interface est présente, et nous proposons de l'étudier grâce à la grille de lecture commune. Les interfaces sanitaires abordées ici se déclinent en trois catégories : les interfaces qui reposent sur des opérations de coopération transfrontalière, les interfaces de type « tourisme sanitaire », et enfin celles engendrées par les opérations de grandes envergures de type « crise », suite par exemples à des catastrophes naturelles ou des crises politiques. Les interfaces sanitaires de type «coopération transfrontalière» A. Le long des frontières de l'Europe… La coopération transfrontalière sanitaire permet de passer du niveau international au niveau régional, voire euro-régional, et dans tous les cas d'amener de la cohérence régionale au sein d'espaces qui ont pu évoluer ...

National audience ; En matière de santé, les prérogatives des Etats sont encore particulièrement fortes, nous sommes là en présence d'un des derniers bastions étatiques qui est donc porteur de profondes inégalités spatiales et sociales, d'autant plus inacceptables que les chances de guérison d'un patient peuvent varier énormément selon de quel côté de la frontière il réside. Les assurés sociaux franchissent donc les frontières soit pour avoir accès à des soins qu'ils jugent de meilleure qualité, soit pour avoir accès à des prestations moins chères (dentistes au Maroc, en Hongrie, chirurgie esthétique en Bulgarie etc.). La mondialisation des soins est une réalité émergente. Simultanément, les Etats s'organisent pour exercer une fonction de régulation, mais aussi pour jouer sur les complémentarités en services, ou en équipements coûteux, ou bien encore, pour faciliter la proximité des soins à des patients aux pathologies lourdes (radiothérapie, dialyse, transport de grands brûlés). De plus, face à certaines maladies infectieuses, la coopération entre Etats, à travers, la mise en place de protocoles communs, et de partage d'expériences, s'avère nécessaire, de même que pour la gestion de crise sanitaire ou d'urgences. Dans chacune de ces situations, l'interface est présente, et nous proposons de l'étudier grâce à la grille de lecture commune. Les interfaces sanitaires abordées ici se déclinent en trois catégories : les interfaces qui reposent sur des opérations de coopération transfrontalière, les interfaces de type « tourisme sanitaire », et enfin celles engendrées par les opérations de grandes envergures de type « crise », suite par exemples à des catastrophes naturelles ou des crises politiques. Les interfaces sanitaires de type «coopération transfrontalière» A. Le long des frontières de l'Europe… La coopération transfrontalière sanitaire permet de passer du niveau international au niveau régional, voire euro-régional, et dans tous les cas d'amener de la cohérence régionale au sein d'espaces qui ont pu évoluer ...

National audience ; En matière de santé, les prérogatives des Etats sont encore particulièrement fortes, nous sommes là en présence d'un des derniers bastions étatiques qui est donc porteur de profondes inégalités spatiales et sociales, d'autant plus inacceptables que les chances de guérison d'un patient peuvent varier énormément selon de quel côté de la frontière il réside. Les assurés sociaux franchissent donc les frontières soit pour avoir accès à des soins qu'ils jugent de meilleure qualité, soit pour avoir accès à des prestations moins chères (dentistes au Maroc, en Hongrie, chirurgie esthétique en Bulgarie etc.). La mondialisation des soins est une réalité émergente. Simultanément, les Etats s'organisent pour exercer une fonction de régulation, mais aussi pour jouer sur les complémentarités en services, ou en équipements coûteux, ou bien encore, pour faciliter la proximité des soins à des patients aux pathologies lourdes (radiothérapie, dialyse, transport de grands brûlés). De plus, face à certaines maladies infectieuses, la coopération entre Etats, à travers, la mise en place de protocoles communs, et de partage d'expériences, s'avère nécessaire, de même que pour la gestion de crise sanitaire ou d'urgences. Dans chacune de ces situations, l'interface est présente, et nous proposons de l'étudier grâce à la grille de lecture commune. Les interfaces sanitaires abordées ici se déclinent en trois catégories : les interfaces qui reposent sur des opérations de coopération transfrontalière, les interfaces de type « tourisme sanitaire », et enfin celles engendrées par les opérations de grandes envergures de type « crise », suite par exemples à des catastrophes naturelles ou des crises politiques. Les interfaces sanitaires de type «coopération transfrontalière» A. Le long des frontières de l'Europe… La coopération transfrontalière sanitaire permet de passer du niveau international au niveau régional, voire euro-régional, et dans tous les cas d'amener de la cohérence régionale au sein d'espaces qui ont pu évoluer ...

Dans cette étude, nous avons utilisé un cadre théorique relevant de l'écologie politique afin de construire un modèle critique et systémique pour expliquer comment il est possible de gérer une maladie infectieuse émergente, comme le SRAS, dans notre univers mondialisé. Nous espérons qu'un tel modèle contribuera à la mise en place de politiques de gestion des risques plus réalistes. Nous commençons par établir et analyser les interactions qui, dans l'environnement social et humain, ont facilité l'apparition de l'épidémie de SRAS dans un contexte local, celui de Toronto. Ensuite, nous montrons que cette épidémie a mis en lumière les insuffisances profondément ancrées du système actuel de gestion mondiale de la santé. Nous mettons l'accent sur le fait que, en cette ère de mondialisation, il est imprudent de trop concentrer efforts sur le plan local. L'analyse des épidémies doit plutôt se faire dans une perspective mondiale, et doit tenir compte du fait que les liens entre les pays développés et les pays en développement relèvent de l'écologie politique.We adopt a political ecology framework to delineate a critical and systemic model that explains how an emerging infectious disease (EID), such as SARS, is dealt with in our globalized world. It is our hope that such a model will contribute to the development of more realistic risk-management policies. First, we focus on identifying and analyzing particular social and human-environment interactions that facilitated the spread of SARS within a local Toronto context. Second, we describe how the SARS outbreak brought to light the deeply rooted inadequacies involved in the current system of global health governance. We stress that in our globalized world it is unwise to focus too narrowly on the local context. The analysis of disease outbreaks must adopt a global perspective that considers the political ecological nature of the relationships between the developed and developing world.

In recent years, the increasing availability of computer power has enabled both to gather an unprecedented amount of data depicting the global interconnections of the modern society and to envision computational tools able to tackle the analysis and the modeling of dynamical pro- cesses unfolding on such a complex reality. In this perspective, the quantitative approach of Physics is catalyzing the growth of new interdisciplinary fields aimed at the understanding of complex techno-socio-ecological systems. By recognizing the crucial role of host mobility in the dissemination of infectious diseases and by leveraging on a network science approach to handle the large scale datasets describing the global interconnectivity, in this thesis we present a theo- retical and computational framework to simulate epidemics of emerging infectious diseases in real settings. In particular we will tackle two different public health related issues. First, we present a Global Epidemic and Mobility model (GLEaM) that is designed to simulate the spreading of an influenza-like illness at the global scale integrating real world-wide mobility data. The 2009 H1N1 pandemic demonstrated the need of mathematical models to provide epidemic forecasts and to assess the effectiveness of different intervention policies. In this perspective we present the results achieved in real time during the unfolding of the epidemic and a posteriori analysis on travel related mitigation strategies and model validation. The second problem that we address is related to the epidemic spreading on evolving networked systems. In particular we analyze a detailed dataset of livestock movements in order to characterize the temporal correlations and the statistical properties governing the system. We then study an infectious disease spreading, in order to characterize the vulnerability of the system and to design novel control strategies. This work is an interdisciplinary approach that merges statistical physics techniques, complex and multiscale system analysis in the context of hosts mobility and computational epidemiology. ; Ces dernières années, la puissance croissante des ordinateurs a permis a` la fois de rassembler une quantité sans précédent de données décrivant la société moderne et d'envisager des outils numériques capables de s'attaquer a` l'analyse et la modélisation les processus dynamiques qui se déroulent dans cette réalité complexe. Dans cette perspective, l'approche quantitative de la physique est un des catalyseurs de la croissance de nouveaux domaines interdisciplinaires visant a` la compréhension des systèmes complexes techno-sociaux. Dans cette thèse, nous présentons dans cette thèse un cadre théorique et numérique pour simuler des épidémies de maladies infectieuses émergentes dans des contextes réalistes. Dans ce but, nous utilisons le rôle crucial de la mobilité des agents dans la diffusion des maladies infectieuses et nous nous appuyons sur l' étude des réseaux complexes pour gérer les ensembles de données à grande échelle décrivant les interconnexions de la population mondiale. En particulier, nous abordons deux différents probl`emes de sant ́e publique. Tout d'abord, nous consid ́erons la propagation d'une ́epid ́emie au niveau mondial, et pr ́esentons un mod`ele de mobilit ́e (GLEAM) conc ̧u pour simuler la propagation d'une maladie de type grippal a` l' ́echelle globale, en int ́egrant des donn ́ees r ́eelles de mobilit ́e dans le monde entier. La derni`ere pand ́emie de grippe H1N1 2009 a d ́emontr ́e la n ́ecessit ́e de mod`eles math ́ematiques pour fournir des pr ́evisions ́epid ́emiques et ́evaluer l'efficacit ́e des politiques d'interventions. Dans cette perspective, nous pr ́esentons les r ́esultats obtenus en temps r ́eel pendant le d ́eroulement de l' ́epid ́emie, ainsi qu'une analyse a posteriori portant sur les strat ́egies de lutte et sur la validation du mod`ele. Le deuxi`eme probl`eme que nous abordons est li ́e a` la propagation de l' ́epid ́emie sur des syst`emes en r ́eseau d ́ependant du temps. En particulier, nous analysons des donn ́ees d ́ecrivant les mouvements du b ́etail en Italie afin de caract ́eriser les corr ́elations temporelles et les propri ́et ́es statistiques qui r ́egissent ce syst`eme. Nous étudions ensuite la propagation d'une maladie infectieuse, en vue de caractériser la vulnérabilité du syst`eme et de concevoir des strat ́egies de controˆle. Ce travail est une approche interdisciplinaire qui combine les techniques de la physique statistique et de l'analyse des syst`emes complexes dans le contexte de la mobilit ́e des agents et de l' ́epid ́emiologie num ́erique.

In recent years, the increasing availability of computer power has enabled both to gather an unprecedented amount of data depicting the global interconnections of the modern society and to envision computational tools able to tackle the analysis and the modeling of dynamical pro- cesses unfolding on such a complex reality. In this perspective, the quantitative approach of Physics is catalyzing the growth of new interdisciplinary fields aimed at the understanding of complex techno-socio-ecological systems. By recognizing the crucial role of host mobility in the dissemination of infectious diseases and by leveraging on a network science approach to handle the large scale datasets describing the global interconnectivity, in this thesis we present a theo- retical and computational framework to simulate epidemics of emerging infectious diseases in real settings. In particular we will tackle two different public health related issues. First, we present a Global Epidemic and Mobility model (GLEaM) that is designed to simulate the spreading of an influenza-like illness at the global scale integrating real world-wide mobility data. The 2009 H1N1 pandemic demonstrated the need of mathematical models to provide epidemic forecasts and to assess the effectiveness of different intervention policies. In this perspective we present the results achieved in real time during the unfolding of the epidemic and a posteriori analysis on travel related mitigation strategies and model validation. The second problem that we address is related to the epidemic spreading on evolving networked systems. In particular we analyze a detailed dataset of livestock movements in order to characterize the temporal correlations and the statistical properties governing the system. We then study an infectious disease spreading, in order to characterize the vulnerability of the system and to design novel control strategies. This work is an interdisciplinary approach that merges statistical physics techniques, complex and multiscale system analysis in the context of hosts mobility and computational epidemiology. ; Ces dernières années, la puissance croissante des ordinateurs a permis a` la fois de rassembler une quantité sans précédent de données décrivant la société moderne et d'envisager des outils numériques capables de s'attaquer a` l'analyse et la modélisation les processus dynamiques qui se déroulent dans cette réalité complexe. Dans cette perspective, l'approche quantitative de la physique est un des catalyseurs de la croissance de nouveaux domaines interdisciplinaires visant a` la compréhension des systèmes complexes techno-sociaux. Dans cette thèse, nous présentons dans cette thèse un cadre théorique et numérique pour simuler des épidémies de maladies infectieuses émergentes dans des contextes réalistes. Dans ce but, nous utilisons le rôle crucial de la mobilité des agents dans la diffusion des maladies infectieuses et nous nous appuyons sur l' étude des réseaux complexes pour gérer les ensembles de données à grande échelle décrivant les interconnexions de la population mondiale. En particulier, nous abordons deux différents probl`emes de sant ́e publique. Tout d'abord, nous consid ́erons la propagation d'une ́epid ́emie au niveau mondial, et pr ́esentons un mod`ele de mobilit ́e (GLEAM) conc ̧u pour simuler la propagation d'une maladie de type grippal a` l' ́echelle globale, en int ́egrant des donn ́ees r ́eelles de mobilit ́e dans le monde entier. La derni`ere pand ́emie de grippe H1N1 2009 a d ́emontr ́e la n ́ecessit ́e de mod`eles math ́ematiques pour fournir des pr ́evisions ́epid ́emiques et ́evaluer l'efficacit ́e des politiques d'interventions. Dans cette perspective, nous pr ́esentons les r ́esultats obtenus en temps r ́eel pendant le d ́eroulement de l' ́epid ́emie, ainsi qu'une analyse a posteriori portant sur les strat ́egies de lutte et sur la validation du mod`ele. Le deuxi`eme probl`eme que nous abordons est li ́e a` la propagation de l' ́epid ́emie sur des syst`emes en r ́eseau d ́ependant du temps. En particulier, nous analysons des donn ́ees d ́ecrivant les mouvements du b ́etail en Italie afin de caract ́eriser les corr ́elations temporelles et les propri ́et ́es statistiques qui r ́egissent ce syst`eme. Nous étudions ensuite la propagation d'une maladie infectieuse, en vue de caractériser la vulnérabilité du syst`eme et de concevoir des strat ́egies de controˆle. Ce travail est une approche interdisciplinaire qui combine les techniques de la physique statistique et de l'analyse des syst`emes complexes dans le contexte de la mobilit ́e des agents et de l' ́epid ́emiologie num ́erique.

En 2000, les leaders mondiaux ont défini l'objectif de réduire de moitié, entre 1990 et 2015, la proportion des personnes souffrant de la faim. Cet objectif relativement modeste fait partie du premier objectif du Millénaire pour le développement, qui demande également de réduire de moitié le nombre de personnes vivant dans la pauvreté et d'assurer le plein emploi. Cependant, les efforts visant à atteindre l'objectif de réduction de la faim se sont fortement écartés de leur voie et le monde s'éloigne de plus en plus de l'objectif fixé. Il est encore possible de parvenir à l'objectif de la réduction de la faim d'ici à 2015, mais cela ne sera pas possible en utilisant les moyens habituels. Une approche « inhabituelle » – plus subtile, plus innovatrice, mieux ciblée et plus rentable pour réduire la faim est indispensable. Cette nouvelle approche se compose de cinq éléments: Investir dans l'agriculture et le développement rural constitue la première mesure à prendre pour réduire la pauvreté et la faim dans les pays en développement. La plupart des personnes démunies et affamées vivent dans des régions rurales d'Afrique et d'Asie. Alors que ces personnes tirent leurs moyens de subsistance de l'agriculture, nombreux sont les pays en développement qui continuent à sous-investir dans ce secteur. Selon des recherches effectuées en Afrique et en Asie, les investissements dans la recherche agricole et la vulgarisation ont un impact important sur la productivité agricole et la pauvreté, les investissements dans l'infrastructure rurale pouvant même générer des avantages bien plus importants encore. Pour améliorer la vie des plus démunis, des investissements à plus grande échelle dans la protection sociale centrés sur la nutrition et la santé sont également essentiels. Bien que les décideurs comprennent de plus en plus l'importance d'investir dans la protection sociale, il existe toujours peu de programmes de protection sociale fondés sur des activités productives ciblant les familles les plus démunies et celles souffrant de la faim, ainsi que l'augmentation de la capacité de production. Les nouveaux acteurs du développement mondial – secteur privé, organisations philanthropiques et donateurs d'économies émergentes – ont un rôle important à jouer dans la réduction de la faim dans les pays en développement. Mais les opportunités offertes par ces partenaires du développement n'ont pas été pleinement exploitées. Avec des incitations appropriées par exemple, le secteur privé pourrait fournir des investissements et des innovations efficaces et durables pour aider dans la lutte contre la faim. Toutefois, dans de nombreux pays, les entreprises privées sont confrontées à un manque d'incitations et à un environnement économique peu stimulant, notamment des droits de propriété mal définis. Les donateurs des économies émergentes jouent à présent un rôle accru dans la mobilisation de l'aide au développement, mais n'ont pas encore été complètement intégrés dans l'agenda mondial de la sécurité alimentaire. ##Adopter une approche par le bas, menée par les pays concernés## Des politiques réellement efficaces et durables qui sont bien adaptées au contexte local peuvent aider les pays à maximiser l'impact local de l'agenda mondial et à exploiter l'assistance externe au développement. Ceci implique de plus en plus des approches laissant l'initiative au pays concerné. Les réformes réussies seront non seulement dirigées par le pays, mais seront aussi de nature locale, les pauvres servant de moteur dans le processus de développement. En même temps, d'autres questions telles que le changement climatique, le commerce et la lutte contre les maladies doivent être prises en main au niveau mondial. La tâche qui revient alors à chaque pays est d'assimiler et d'intégrer ces problèmes mondiaux en développant sa propre stratégie au niveau national. ; PR ; IFPRI1 ; DGO

In response to the growing threat of emerging infectious diseases, several countries have implemented epidemic intelligence activities to complement traditional surveillance systems. Epidemic intelligence is the process of early detection, verification, analysis and reporting of health events in order to recommend publish health measures. In addition to indicator-based surveillance, it also relies on event-based surveillance and the use of both official and unofficial information sources to improve the early detection of potential health threats.Through two case studies of tool development (PADI-web and OpenESSENCE), I illustrate examples of pluridisciplinary collaborations between computer scientists, epidemiologists and local health agencies to ensure the co-design of automated data collection and analysis tools in the context of online media monitoring for animal health in France (PADI-web) and enhanced electronic surveillance for human mass gatherings in the Pacific (OpenESSENCE). These developments aimed to mobilize generic and automated tools in a pluridisciplinary and One Health approach to improve the early detection and alerting of health threats.Through two case studies analyzing epidemic intelligence data (spatio-temporal analysis and spread rate modelling), I highlight the integration of expert knowledge and innovative methodologies to characterize disease threats and inform risk analyses using a pluridisciplinary approach. Strengthening the links between epidemic intelligence and risk analysis provides real-time data on the epidemiological situation and improves disease knowledge to adapt and target epidemic intelligence systems.With the emergence of three novel coronaviruses in the past two decades, there is a strong need for an integrated approach to epidemic intelligence involving cross-border collaborations in a One Health context to promote the pooling of pluridisciplinary data, expertise and tools through a common strategy. The monitoring of weak signals and genetic information can help improve the timely detection of the emergence of unknown pathogens. The integration of new sources of information and innovative technologies into existing epidemic intelligence systems can form the basis for an enhanced risk detection, monitoring and assessment platform. Mathematical models can identify environmental and socio-economic drivers of disease emergence and spread to facilitate the surveillance and prediction of future outbreaks. The implementation of an integrated approach should extend beyond scientific disciplines to bring together scientists, health professionals, governmental agencies and private stakeholders to implement contextualized and collaborative actions that foster a pluridisciplinary culture across the human-animal interface. ; De nouvelles approches telles que la veille sanitaire et l'intégration des données non-officielles ont été développées pour améliorer la performance des systèmes de surveillance et permettre aux autorités d'anticiper les menaces liées aux maladies infectieuses émergentes. La veille sanitaire (également appelée intelligence épidémiologique d'après la traduction du terme anglais « epidemic intelligence ») est le processuui sont à la fois complexes et trans-sectorielles, la pluridisciplinarité est un enjeu majeur de la vs de collecte, de vérification, d'analyse et de communication de toute information permettant la détection, l'évaluation et l'investigation de dangers sanitaires dans un but d'alerte précoce (source : OMS).Dans le cadre de problématiques de santé qeille sanitaire qui permet d'adopter une approche globale et intégrée de la surveillance des risques sanitaires. Elle permet de disposer de visions complémentaires et polyvalentes de la problématique pour en assurer une meilleure compréhension. L'intérêt d'une approche pluridisciplinaire est illustré dans ce manuscrit par quatre cas d'étude répartis en deux chapitres, l'un basé sur l'amélioration de la collecte de données pour alerter et l'autre sur l'analyse de données pour caractériser et prédire.Les deux premiers cas d'études (chapitre 3) présentent deux outils, PADI-web et OpenESSENCE, développés dans le cadre d'une approche pluridisciplinaire visant à améliorer la détection et l'alerte précoce de dangers sanitaires dans des contextes de santé animale et santé humaine.Dans le chapitre 4, l'importance d'une démarche pluridisciplinaire est à nouveau illustrée par deux cas d'étude présentant des méthodes d'analyse de données de veille sanitaire visant à caractériser les dangers sanitaires pour alimenter les analyses de risque et les modèles de prédiction.La mise en œuvre d'une approche pluridisciplinaire des différents processus de la veille sanitaire est essentielle pour améliorer la performance des systèmes à travers la mise en place d'outils et de méthodes innovantes. L'intégration de diverses disciplines scientifiques et l'implication des acteurs concernés dans le processus de développement de ces méthodes permet d'avoir une vision globale de la problématique, de mieux comprendre les principes sous-jacents et d'en interpréter les résultats, mais aussi de plus facilement s'approprier les outils et méthodes développés. La crise COVID-19 de 2020 est le dernier exemple en date du besoin de collaborations pluridisciplinaires et entre acteurs, avec la mobilisation du secteur de la santé animale et la mise à disposition de matériels, équipements et experts. Comme l'illustre la crise sanitaire COVID-19, il est indispensable de pouvoir mieux anticiper les menaces sanitaires en mobilisant une grande diversité d'expertise, pratiques autant que théoriques, et aborder la préparation et prévention de manière plus proactive.

In response to the growing threat of emerging infectious diseases, several countries have implemented epidemic intelligence activities to complement traditional surveillance systems. Epidemic intelligence is the process of early detection, verification, analysis and reporting of health events in order to recommend publish health measures. In addition to indicator-based surveillance, it also relies on event-based surveillance and the use of both official and unofficial information sources to improve the early detection of potential health threats.Through two case studies of tool development (PADI-web and OpenESSENCE), I illustrate examples of pluridisciplinary collaborations between computer scientists, epidemiologists and local health agencies to ensure the co-design of automated data collection and analysis tools in the context of online media monitoring for animal health in France (PADI-web) and enhanced electronic surveillance for human mass gatherings in the Pacific (OpenESSENCE). These developments aimed to mobilize generic and automated tools in a pluridisciplinary and One Health approach to improve the early detection and alerting of health threats.Through two case studies analyzing epidemic intelligence data (spatio-temporal analysis and spread rate modelling), I highlight the integration of expert knowledge and innovative methodologies to characterize disease threats and inform risk analyses using a pluridisciplinary approach. Strengthening the links between epidemic intelligence and risk analysis provides real-time data on the epidemiological situation and improves disease knowledge to adapt and target epidemic intelligence systems.With the emergence of three novel coronaviruses in the past two decades, there is a strong need for an integrated approach to epidemic intelligence involving cross-border collaborations in a One Health context to promote the pooling of pluridisciplinary data, expertise and tools through a common strategy. The monitoring of weak signals and genetic information can help improve the timely detection of the emergence of unknown pathogens. The integration of new sources of information and innovative technologies into existing epidemic intelligence systems can form the basis for an enhanced risk detection, monitoring and assessment platform. Mathematical models can identify environmental and socio-economic drivers of disease emergence and spread to facilitate the surveillance and prediction of future outbreaks. The implementation of an integrated approach should extend beyond scientific disciplines to bring together scientists, health professionals, governmental agencies and private stakeholders to implement contextualized and collaborative actions that foster a pluridisciplinary culture across the human-animal interface. ; De nouvelles approches telles que la veille sanitaire et l'intégration des données non-officielles ont été développées pour améliorer la performance des systèmes de surveillance et permettre aux autorités d'anticiper les menaces liées aux maladies infectieuses émergentes. La veille sanitaire (également appelée intelligence épidémiologique d'après la traduction du terme anglais « epidemic intelligence ») est le processuui sont à la fois complexes et trans-sectorielles, la pluridisciplinarité est un enjeu majeur de la vs de collecte, de vérification, d'analyse et de communication de toute information permettant la détection, l'évaluation et l'investigation de dangers sanitaires dans un but d'alerte précoce (source : OMS).Dans le cadre de problématiques de santé qeille sanitaire qui permet d'adopter une approche globale et intégrée de la surveillance des risques sanitaires. Elle permet de disposer de visions complémentaires et polyvalentes de la problématique pour en assurer une meilleure compréhension. L'intérêt d'une approche pluridisciplinaire est illustré dans ce manuscrit par quatre cas d'étude répartis en deux chapitres, l'un basé sur l'amélioration de la collecte de données pour alerter et l'autre sur l'analyse de données pour caractériser et prédire.Les deux premiers cas d'études (chapitre 3) présentent deux outils, PADI-web et OpenESSENCE, développés dans le cadre d'une approche pluridisciplinaire visant à améliorer la détection et l'alerte précoce de dangers sanitaires dans des contextes de santé animale et santé humaine.Dans le chapitre 4, l'importance d'une démarche pluridisciplinaire est à nouveau illustrée par deux cas d'étude présentant des méthodes d'analyse de données de veille sanitaire visant à caractériser les dangers sanitaires pour alimenter les analyses de risque et les modèles de prédiction.La mise en œuvre d'une approche pluridisciplinaire des différents processus de la veille sanitaire est essentielle pour améliorer la performance des systèmes à travers la mise en place d'outils et de méthodes innovantes. L'intégration de diverses disciplines scientifiques et l'implication des acteurs concernés dans le processus de développement de ces méthodes permet d'avoir une vision globale de la problématique, de mieux comprendre les principes sous-jacents et d'en interpréter les résultats, mais aussi de plus facilement s'approprier les outils et méthodes développés. La crise COVID-19 de 2020 est le dernier exemple en date du besoin de collaborations pluridisciplinaires et entre acteurs, avec la mobilisation du secteur de la santé animale et la mise à disposition de matériels, équipements et experts. Comme l'illustre la crise sanitaire COVID-19, il est indispensable de pouvoir mieux anticiper les menaces sanitaires en mobilisant une grande diversité d'expertise, pratiques autant que théoriques, et aborder la préparation et prévention de manière plus proactive.

A collection of writings by leading experts and newer researchers on the SARS outbreak and its relation to infectious disease management in progressively global and urban societies.: Presents original contributions by scholars from seven countries on four continents; Connects newer thinking on global cities, networks, and governance in a post-national era of public health regulations and neo-liberalization of state services; Provides an important contribution to the global public debate on the challenges of emerging infectious disease in cities; Examines the impact of globalization on future i

Bats are eaten by people throughout Madagascar and although the larger species like Pteropus rufus, Eidolon dupreanum, Rousettus madagascariensis and Hipposideros commersoni are preferred, small insectivorous bats are also eaten. The national hunting season for bats is widely ignored and both unsuitable hunting practices and high offtake represent a serious threat to bat populations in some areas. Bat bushmeat may be an important source of protein for Malagasy people during periods of food shortage but in general there are few data on the socioeconomic and cultural importance of bats. Fruit bats produce a single offspring per year and are therefore susceptible to over-hunting. Nevertheless, large roosts offer the possibility of community managed harvests to secure the colony and provide a source of meat but further research is needed before this can be considered. Roost sites also present the best focus for conservation and greater effort is needed to control hunting using existing legislation and flexible community-based solutions that are sensitive to the local context. The threat of pathogen transfer from bats to people is of growing concern as more bat species are identified as vectors of emergent viral diseases.RÉSUMÉLes gens consomment des chauves-souris partout à Madagascar et s'ils préfèrent les plus grandes espèces comme Pteropus rufus, Eidolon dupreanum, Rousettus madagascariensis et Hipposideros commersoni, les petites chauves-souris insectivores sont également consommées. La période d'ouverture nationale de la chasse n'est généralement pas respectée et l'on assiste aussi bien à de mauvaises pratiques cynégétiques qu'à des prélèvements importants qui représentent une menace sérieuse pour les populations de chauves-souris dans certaines régions. Les chauves-souris peuvent constituer une source de protéines importante pour les populations villageoises pendant les périodes de soudure alimentaire mais en règle générale, il existe peu de données sur les valeurs socio-économiques ou culturelles des chauves - souris. Les chauves-souris frugivores ne produisent qu'un seul jeune par an, de sorte qu'elles sont sensibles à la pression de chasse bien que les grands dortoirs pourraient offrir l'occasion d'une exploitation gérée par la communauté pour assurer la sécurité des colonies et fournir une source de protéines mais de plus amples recherches sont nécessaires avant que cette alternative ne puisse être retenue. Les dortoirs constituent également les meilleures cibles des actions de protection de la nature et des efforts plus importants sont nécessaires pour contrôler la chasse en s'appuyant sur la législation nationale ainsi que sur des solutions locales plus souples et adaptées, basées sur la communauté. Les chauves-souris peuvent aussi transmettre des agents pathogènes et cette menace est une source d'inquiétude grandissante car de plus en plus d'espèces de chauves-souris ont été identifiées en tant que vecteurs de maladies virales émergentes.

Population ageing has been taking place all over the world, being estimated that 2.1 billion people will be aged 60 or over in 2050. Healthcare Supportive Home (HSH) Systems have been proposed to overcome the high demand of remote home care for assisting an increasing number of elderly people living alone. Since a heterogeneous team of healthcare professionals need to collaborate to continually monitor health status of chronic patients, a cooperation of pre-existing e-Health systems, both outside and inside home, is required. However, current HSH solutions are proprietary, monolithic, high coupled, and expensive, and most of them do not consider their interoperation neither with distributed and external e-Health systems, nor with systems running inside the home (e.g., companion robots or activity monitors). These systems are sometimes designed based on local legislations, specific health system configurations (e.g., public, private or mixed), care plan protocols, and technological settings available; therefore, their reusability in other contexts is sometimes limited. As a consequence, these systems provide a limited view of patient health status, are difficult to evolve regarding the evolution of patient's health profile, do not allow continuous patients monitoring, and present limitations to support the self-management of multiple chronic conditions. To contribute to solve the aforementioned challenges, this thesis establishes HomecARe, a reference architecture for supporting the development of quality HSH systems. HomecARe considers HSH systems as Systems-of-Systems (SoS) (i.e., large, complex systems composed of heterogeneous, distributed, and operational and managerial independent systems), which achieve their missions (e.g., improvement of patients' quality of life) through the behavior that emerges as result of collaborations among their constituents. To establish HomecARe, a systematic process to engineer reference architectures was adopted. As a result, HomecARe presents domain knowledge and architectural solutions (i.e., architectural patterns and tactics) described using conceptual, mission, and quality architectural viewpoints. To assess HomecARe, a case study was performed by instantiating HomecARe to design the software architecture of DiaManT@Home, a HSH system to assist at home patients suffering of diabetes mellitus. Results evidenced HomecARe is a viable reference architecture to guide the development of reusable, interoperable, reliable, secure, and adaptive HSH systems, bringing important contributions for the areas of e-Health, software architecture, and reference architecture for SoS. ; Le vieillissement de la population est une tendance mondiale. Selon les estimations, en 2050, 2,1 milliard de personnes seront âgés de 60 ans ou plus. Les logiciels d'aide aux soins de santé à domicile (ou en anglais Healthcare Supportive Home- HSH Systems) ont été proposés pour répondre à la forte demande de soins de santé à distance pour les personnes âgées vivant seules. Étant donné que les équipes de professionnels de la santé ont besoin de collaborer pour continuellement surveiller l'état de santé des patients souffrant de maladies chroniques, il est nécessaire de faire coopérer les systèmes logiciels d'e-santé préexistants. Cependant, les systèmes de HSH actuels sont propriétaires, monolithiques, fortement couplés et coûteux ainsi que la plupart d'entre eux ne considèrent pas les interactions dynamiques avec systèmes de e- Health fonctionnant à l'intérieur du domicile (e.g., des robots compagnons interactifs ou moniteurs d'activité) ni à l'extérieur de la maison. Ces systèmes sont parfois conçus et fondés sur des législations locales, des configurations des systèmes de santé spécifiques (e.g., publique, privé ou hybride), des plans nationaux de soins de santé, et des ressources technologiques disponibles ; leur réutilisation dans d'autres contextes est donc souvent limitée. De ce fait, les systèmes de HSH fournissent une vue limitée de l'état de santé des patients, sont difficiles à évoluer en fonction de l'évolution de la santé des patients et ne permettent pas la surveillance constante des patients. Ils ont des limites sérieuses pour aider l'autogestion des multiples maladies chroniques. En réponse à ces problématiques, cette thèse propose HomecARe, une architecture de référence pour permettre le développement des systèmes logiciel de HSH de qualité. HomecARe considère les systèmes HSH comment Systèmes-de-Systèmes (en anglais Systems-of- Systems - SoS) (i.e., systèmes complexes à grande échelle qui sont composées de systèmes hétérogènes, distribués, et avec indépendance opérationnelle et managériale), qui réalisaient leurs missions (e.g., l'amélioration de la qualité de vie des patients) grâce aux comportements qui émergent des collaborations entre les différents systèmes constitutifs. Pour établir HomecARe, un processus systématique pour la conception des architectures de référence a été adopté. HomecARe représente la connaissance du domaine et des solutions architecturales (e.g., patrons et stratégies d'architecture) en utilisant les points de vue architecturales des concepts, missions, et qualité. Pour évaluer HomecARe, un cas d'étude a été mené. Dans cette étude, HomecARe a été utilisé dans la conception de l'architecture logicielle du DiaManT@Home, un système de HSH pour l'assistance aux patients diabétiques. Les résultats montrent qui HomecARe est une solution viable pour guider le développement des systèmes de HSH réutilisables, interopérables, fiables, sécurisés, et adaptatifs. Cette thèse apporte d'importantes contributions dans les domaines d'e-santé, architectures logicielles, et architectures de référence de SoS.

Population ageing has been taking place all over the world, being estimated that 2.1 billion people will be aged 60 or over in 2050. Healthcare Supportive Home (HSH) Systems have been proposed to overcome the high demand of remote home care for assisting an increasing number of elderly people living alone. Since a heterogeneous team of healthcare professionals need to collaborate to continually monitor health status of chronic patients, a cooperation of pre-existing e-Health systems, both outside and inside home, is required. However, current HSH solutions are proprietary, monolithic, high coupled, and expensive, and most of them do not consider their interoperation neither with distributed and external e-Health systems, nor with systems running inside the home (e.g., companion robots or activity monitors). These systems are sometimes designed based on local legislations, specific health system configurations (e.g., public, private or mixed), care plan protocols, and technological settings available; therefore, their reusability in other contexts is sometimes limited. As a consequence, these systems provide a limited view of patient health status, are difficult to evolve regarding the evolution of patient's health profile, do not allow continuous patients monitoring, and present limitations to support the self-management of multiple chronic conditions. To contribute to solve the aforementioned challenges, this thesis establishes HomecARe, a reference architecture for supporting the development of quality HSH systems. HomecARe considers HSH systems as Systems-of-Systems (SoS) (i.e., large, complex systems composed of heterogeneous, distributed, and operational and managerial independent systems), which achieve their missions (e.g., improvement of patients' quality of life) through the behavior that emerges as result of collaborations among their constituents. To establish HomecARe, a systematic process to engineer reference architectures was adopted. As a result, HomecARe presents domain knowledge and architectural solutions (i.e., architectural patterns and tactics) described using conceptual, mission, and quality architectural viewpoints. To assess HomecARe, a case study was performed by instantiating HomecARe to design the software architecture of DiaManT@Home, a HSH system to assist at home patients suffering of diabetes mellitus. Results evidenced HomecARe is a viable reference architecture to guide the development of reusable, interoperable, reliable, secure, and adaptive HSH systems, bringing important contributions for the areas of e-Health, software architecture, and reference architecture for SoS. ; Le vieillissement de la population est une tendance mondiale. Selon les estimations, en 2050, 2,1 milliard de personnes seront âgés de 60 ans ou plus. Les logiciels d'aide aux soins de santé à domicile (ou en anglais Healthcare Supportive Home- HSH Systems) ont été proposés pour répondre à la forte demande de soins de santé à distance pour les personnes âgées vivant seules. Étant donné que les équipes de professionnels de la santé ont besoin de collaborer pour continuellement surveiller l'état de santé des patients souffrant de maladies chroniques, il est nécessaire de faire coopérer les systèmes logiciels d'e-santé préexistants. Cependant, les systèmes de HSH actuels sont propriétaires, monolithiques, fortement couplés et coûteux ainsi que la plupart d'entre eux ne considèrent pas les interactions dynamiques avec systèmes de e- Health fonctionnant à l'intérieur du domicile (e.g., des robots compagnons interactifs ou moniteurs d'activité) ni à l'extérieur de la maison. Ces systèmes sont parfois conçus et fondés sur des législations locales, des configurations des systèmes de santé spécifiques (e.g., publique, privé ou hybride), des plans nationaux de soins de santé, et des ressources technologiques disponibles ; leur réutilisation dans d'autres contextes est donc souvent limitée. De ce fait, les systèmes de HSH fournissent une vue limitée de l'état de santé des patients, sont difficiles à évoluer en fonction de l'évolution de la santé des patients et ne permettent pas la surveillance constante des patients. Ils ont des limites sérieuses pour aider l'autogestion des multiples maladies chroniques. En réponse à ces problématiques, cette thèse propose HomecARe, une architecture de référence pour permettre le développement des systèmes logiciel de HSH de qualité. HomecARe considère les systèmes HSH comment Systèmes-de-Systèmes (en anglais Systems-of- Systems - SoS) (i.e., systèmes complexes à grande échelle qui sont composées de systèmes hétérogènes, distribués, et avec indépendance opérationnelle et managériale), qui réalisaient leurs missions (e.g., l'amélioration de la qualité de vie des patients) grâce aux comportements qui émergent des collaborations entre les différents systèmes constitutifs. Pour établir HomecARe, un processus systématique pour la conception des architectures de référence a été adopté. HomecARe représente la connaissance du domaine et des solutions architecturales (e.g., patrons et stratégies d'architecture) en utilisant les points de vue architecturales des concepts, missions, et qualité. Pour évaluer HomecARe, un cas d'étude a été mené. Dans cette étude, HomecARe a été utilisé dans la conception de l'architecture logicielle du DiaManT@Home, un système de HSH pour l'assistance aux patients diabétiques. Les résultats montrent qui HomecARe est une solution viable pour guider le développement des systèmes de HSH réutilisables, interopérables, fiables, sécurisés, et adaptatifs. Cette thèse apporte d'importantes contributions dans les domaines d'e-santé, architectures logicielles, et architectures de référence de SoS.

This work was initially designed to identify risk factors that may be associated with the HIV epidemic in Djibouti. The value of this research led to the establishment of an epidemiological surveillance system for HIV. But we cannot develop an alone surveillance system without addressing the epidemiological surveillance system in its entirety. Which system suffered from a lack of resources, low adherence of the healthcare system and lack of political will to make it a tool for decision support. In this context, we conducted our research and we received all the political and technical support to meet this challenge in a developing country. With support from WHO, we have implemented a sentinel surveillance system for HIV that does not rely only risk group or limited area but on the general population through annual anonymous surveys noncorrelated. Actually, we move to the second generation surveillance. We have also established an integrated surveillance system for vaccinepreventable diseases (diphtheria, pertussis, neonatal tetanus, Poliomyelitis, Measles, Meningitis, Mumps and Rubella) and epidemic-prone diseases such as Cholera, Malaria, avian flu and hemorrhagic fevers. The surveillance approach is primarily a clinical or syndromic secondarily confirmed by biology. Two objectives have been attended: 1. Risk factors for HIV in Djibouti: This study found specific risk factors to our context; Khat consumption by the unemployed and blood transfusion are specifically associated with HIV infection in Djibouti. 2. Dynamics of the epidemic of cholera in the Horn of Africa (HoA), this study is nourished by a rich field experience that led to the monitoring of stowaways migrants of the cholera epidemic in the HoA. We discovered the emergence of a new serotype unknown in previous waves of cholera outbreaks. 11 In addition, we are not limited ourself in the establishment of a disease surveillance system on human level. We had been interested on vectors level. At Djibouti, vector-borne diseases constitute a public health threat. Indeed, outside the malaria we had Dengue Fever, West Nile, Chikungunya and myiasis. The regional context of the Rift Valley Fever (RFV) was hardly reassuring. There was an urgent need to establish an entomological surveillance through human resources training and reinforcement of the entomological laboratory. This was possible through the support of NAMRU-3. Soon, we were able to mount the device and conduct monitoring, capturing, breeding and biological surveillance. Globally, we managed an epidemiological challenge and health monitoring in a context of limited resources with multiple priorities. We took the objective of our thesis and our international scientific collaborations to deploy a new epidemiological surveillance system, train the staff, and mobilize a significant investment in the development of the health information system. Soon, our system has detected outbreaks of cholera, measles and pertussis but also emerging diseases that were unknown (possibly just need research) in this region of the world: myiasis, avian influenza H5N1, West Nile virus among others. Thus our work is its consistency in the richness of the experiences we could share with other developing countries, in a North-South dialogue and respectful of the original need to increase capacity and local resources and transfer of technologies with international standards. ; Ce travail visait initialement à identifier les facteurs de risque spécifiques qui pouvaient être associés à l'épidémie de VIH à Djibouti. La valorisation de ce travail de recherche a conduit à la mise en place d'un système de surveillance épidémiologique intégré opérationnel. En effet, il est vite apparu dommage de ne pas faire bénéficier de ce système de surveillance spécifique au VIH les autres priorités de surveillance épidémiologique du pays. Nous avons ainsi abordé le système de surveillance épidémiologique dans sa globalité. Le système en place souffrait alors d'une faiblesse des ressources allouées, d'une faible adhésion du système de soins en pleine réforme et de l'absence d'une volonté d'en faire un outil d'aide à la décision. C'est dans ce contexte que nous avons réorienté notre travail et nous avons reçu un fort appui politique et technique pour relever des défis de taille dans un pays en développement. Grâce à l'aide de l'OMS, nous avons mis en place un système de surveillance sentinelle du VIH qui ne s'appuie pas uniquement sur un seul groupe à risque ou dans un espace limité mais sur la population générale permettant des enquêtes annuelles anonymes non corrélées. Actuellement nous évoluons vers une surveillance de deuxième génération. Nous avons par ailleurs mis en place un système de surveillance intégré des maladies évitables par la vaccination (Diphtérie, Coqueluche, Tétanos néonatal, Poliomyélite, Rougeole, Méningite, Oreillons, Rubéole) et des maladies à potentiel épidémique telles que le Choléra, le Paludisme, la grippe aviaire et les fièvres hémorragiques. L'approche suivie est surtout une approche clinique ou syndromique secondairement confirmée par la biologie. Deux travaux de recherche ont été finalisés : 1. les facteurs de risque du VIH à Djibouti. Cette étude a révélé certains facteurs de risque spécifiques au contexte djiboutien. La consommation 8 du Khat par des chômeurs et la transfusion sanguine sont spécifiquement associées à l'infection par le VIH à Djibouti. 2. la dynamique de l'épidémie de choléra dans la région de la Corne de l'Afrique. Cette étude est nourrie d'une riche expérience de terrain ayant conduit au suivi de populations migrantes clandestines, vecteurs de l'épidémie dans la Corne de l'Afrique. Notre travail a permis l'identification d'un nouveau sérotype inconnu dans les précédentes vagues épidémiques de choléra en Afrique. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux vecteurs car à Djibouti les maladies à transmission vectorielle constitue un problème de santé publique fortement prévalent. En effet, en dehors du paludisme, nous avons identifié des cas de Dengue, de West-Nile, de Chikungunya et de Myiase. De surcroît, le contexte régional de l'épidémie de la Fièvre de la Vallée du Rift n'était guère rassurant. Il était urgent de mettre en place un dispositif de surveillance entomologique à travers la création d'une équipe bien formée, la réhabilitation et l'équipement du laboratoire d'entomologie. Ceci a été permis grâce à l'appui du NAMRU-3. En peu de temps, nous avons pu monter ce dispositif et réaliser la surveillance, la capture, l'élevage et la lutte biologique vis-à-vis de ces vecteurs. Au total, nous avons abordé une problématique épidémiologique et de veille sanitaire dans un contexte de ressources limitées aux priorités multiples. Nous avons pris prétexte de notre thèse et de nos collaborations scientifiques internationales pour déployer un nouveau système de surveillance épidémiologique, formant du personnel, mobilisant un important investissement de l'État dans la mise en place du système d'information sanitaire. Rapidement, notre système a permis de détecter des épidémies de choléra, de rougeole et de coqueluche mais aussi de pathologies émergentes qui étaient peu connues (car possiblement peu recherchées) dans cette contrée du monde : la myiase, la 9 grippe aviaire H5N1, le virus du West-Nile entres autres. Ainsi notre travail trouve sa cohérence dans la richesse des expériences que nous avons pu échanger avec les autres pays en développement, dans un dialogue Nord-Sud original et respectueux du besoin d'augmenter les capacités et les ressources locales et le transfert de technologies et standards contemporains.