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Facing the food needs of a growing population, global agriculture faces multiple challenges (economic, agro-ecological, environmental, social and societal). According to estimates, it would be necessary for meeting these needs that global agriculture increases its production by 70% by 2050, while continuing to provide essential services such as the preservation of air, soil and water quality, landscape maintenance or life quality in rural areas. Agriculture contributes to 10% of the greenhouse gas emissions from human activities and represents the main source of emissions into the environment from agricultural inputs. Better management of resources, inputs and territories, including landscapes, requires a better understanding and assessment of flows especially nitrogen in territories. The general hypothesis underlying the work presented in this report is that mitigation of environmental losses and sustainability of agriculture and agro-ecosystems (economic, agroecological, environmental, social, societal) requires rethinking their structure and thus their functionalities in the context of global change. This general hypothesis was tested in several cases corresponding to different geographical (thus political and socio-economic), scientific and thematic (thus disciplines and teams) contexts and to multiple spatial and temporal scales (from the organ or soil aggregate up to the region through the plant, the stand or the plot, the farm and the landscape scales). My researches therefore focused on complex systems for which modelling is an essential tool in addition to data collected from field experiments or under controlled conditions, farm surveys or landscape inventories. My first experiences in Aquitaine and in Sahelian Africa helped me discover how research can contribute to better management of resources (forestry, agriculture, agro-pastoralism.) at regional scales, using various methods of representation of the structures (remote sensing and satellite data, geographic information systems) and analysis (modelling, statistical analysis of data) of the production functions within territories. The results obtained in my subsequent researches in several INRA teams and in interdisciplinary collaboration showed, using models and scenarios at different scales, the role of spatial interactions between the structures of the studied systems (plants and stands explicitly described in 3D in a first phase, landscapes spatially described in a second phase) and their functions (acquisition and distribution of nitrogen and carbon assimilates in the first phase, biomass production, environmental losses and indirect emissions of nitrogen in the second phase). These studies showed the importance of taking account such interactions to improve the plant and stand management on one hand and the landscape and territoriy management on the other hand, in relation to the management of agriculural inputs and soil and climate forcings. My perspectives are to continue to contribute to researches aiming at better assessing the environmental impacts of agricultural activities, including the understanding and quantification of nitrogen flows and balances and structure-function relationships in agro-ecosystems at different scales. This work will be carried out at least initially on nitrogen flows in relation to carbon and water flows. They may be extended to other inputs (eg pesticides, organic waste products) or other major elements (eg phosphorus). My researches should lead to the production of tools and references (models, databases, agro-environmental scenarios) to test quantitatively (ie from mechanistic, process-based and integrated approaches), various changes in agro-ecosystems. The produced models will be tools to contribute towards proposing insights and recommendations to mitigate environmental losses of nitrogen and/or adapt production systems and territories to global change. My researches have also an applied objective, in the sense that the tools developed may become operational tools for managing nitrogen and space in agro-ecosystems. ; Confrontée aux besoins alimentaires d'une population croissante, l'agriculture mondiale doit faire face à de multiples enjeux (économiques, agro-écologiques, environnementaux, sociaux et sociétaux). Selon les estimations, il faudrait, pour répondre à ces besoins, que l'agriculture mondiale parvienne d'ici à 2050 à augmenter sa production de 70%, tout en continuant à fournir des services essentiels tels que la préservation de la qualité de l'air, des sols et des eaux, l'entretien du paysage ou le maintien de la qualité de vie en milieu rural. L'agriculture contribue à hauteur de 10 % aux émissions de gaz à effet de serre d'origine anthropique et est la première source d'intrants émis dans l'environnement. Une meilleure gestion des ressources, des intrants et des territoires, notamment les paysages, nécessite de mieux comprendre et évaluer les flux de matières, notamment l'azote, dans les territoires. L'hypothèse générale sous-jacente aux travaux présentés dans ce mémoire est que l'atténuation des pertes environnementales et la durabilité de l'agriculture et des agro-écosystèmes (économique, agro-écologique, environnementale, sociale, sociétale) nécessite de repenser leur structure, et ainsi leurs fonctionnalités, dans un contexte de changements globaux. Cette hypothèse générale a été testée dans plusieurs cas particuliers, mettant en œuvre différents contextes géographiques (donc politiques et socio-économiques), scientifiques et thématiques (donc disciplinaires et d'équipes) et à plusieurs échelles spatio-temporelles (de l'organe ou agrégat de sol jusqu'à la région en passant par la plante, le peuplement ou la parcelle, l'exploitation agricole, le paysage). Les recherches ont ainsi porté sur des systèmes complexes pour lesquels la modélisation est un outil d'investigation incontournable en complément des données issues d'expérimentations au champ ou en conditions contrôlées, d'inventaires ou d'enquêtes auprès des agriculteurs. Mes premières expériences en Aquitaine puis en Afrique sahélienne m'ont fait découvrir comment la recherche pouvait contribuer à une meilleure gestion des ressources (sylviculture, agriculture, agro-pastoralisme…) à des échelles régionales, en utilisant diverses méthodes de représentation des structures (télédétection et données satellitaires, systèmes d'information géographique) et d'analyse (modélisation, analyses statistiques de données) des fonctions de production de ces territoires. Les résultats de recherche obtenus ensuite dans plusieurs équipes de l'INRA et en collaboration inter-disciplinaire ont montré, à partir de modèles et de scénarios à différentes échelles, le rôle des interactions spatiales entre les structures des systèmes étudiés (plantes et peuplements décrits spatialement en trois dimensions dans une première phase, exploitations agricoles et paysages décrits spatialement dans une deuxième phase) et leurs fonctions (acquisition et répartition des assimilats azotés et carbonés dans la première phase, production de biomasse, pertes environnementales et émissions indirectes d'azote dans la deuxième phase). Ces travaux ont montré l'intérêt de tenir compte de ces interactions pour améliorer la gestion des plantes et des peuplements d'une part et des paysages et des territoires d'autre part, en relation avec la gestion des intrants et les forçages pédo-climatiques. Mes perspectives sont de continuer à contribuer aux recherches visant à mieux évaluer les impacts environnementaux des activités agricoles, notamment par la compréhension et la quantification des flux et bilans d'azote ainsi que des relations structures-fonctions dans les agro-écosystèmes à différentes échelles. Ces travaux seront principalement menés, au moins dans un premier temps, sur les flux d'azote, en lien avec les flux de carbone et d'eau. Ils pourront ensuite être étendus à d'autres intrants (e.g. pesticides, produits résiduaires organiques) ou d'autres éléments majeurs (e.g. phosphore). Ces recherches devraient aboutir à la production d'outils et de références (modèles, bases de données, scénarios agro-environnementaux) pour tester, de manière quantitative (i.e. à partir d'approches mécanistes, basées sur les processus, et intégrées), différentes évolutions des agro-écosystèmes. Ces modèles seront des outils pour aider à proposer des pistes et des recommandations pour atténuer les pertes environnementales d'azote et/ou adapter les systèmes de production et l'organisation des territoires aux changements globaux. Ces recherches ont aussi une finalité appliquée, dans le sens où les outils développés pourront aussi devenir à terme des outils opérationnels de raisonnement de la gestion de l'azote et de l'espace dans les agro-écosystèmes

Facing the food needs of a growing population, global agriculture faces multiple challenges (economic, agro-ecological, environmental, social and societal). According to estimates, it would be necessary for meeting these needs that global agriculture increases its production by 70% by 2050, while continuing to provide essential services such as the preservation of air, soil and water quality, landscape maintenance or life quality in rural areas. Agriculture contributes to 10% of the greenhouse gas emissions from human activities and represents the main source of emissions into the environment from agricultural inputs. Better management of resources, inputs and territories, including landscapes, requires a better understanding and assessment of flows especially nitrogen in territories. The general hypothesis underlying the work presented in this report is that mitigation of environmental losses and sustainability of agriculture and agro-ecosystems (economic, agroecological, environmental, social, societal) requires rethinking their structure and thus their functionalities in the context of global change. This general hypothesis was tested in several cases corresponding to different geographical (thus political and socio-economic), scientific and thematic (thus disciplines and teams) contexts and to multiple spatial and temporal scales (from the organ or soil aggregate up to the region through the plant, the stand or the plot, the farm and the landscape scales). My researches therefore focused on complex systems for which modelling is an essential tool in addition to data collected from field experiments or under controlled conditions, farm surveys or landscape inventories. My first experiences in Aquitaine and in Sahelian Africa helped me discover how research can contribute to better management of resources (forestry, agriculture, agro-pastoralism.) at regional scales, using various methods of representation of the structures (remote sensing and satellite data, geographic information systems) and analysis (modelling, statistical analysis of data) of the production functions within territories. The results obtained in my subsequent researches in several INRA teams and in interdisciplinary collaboration showed, using models and scenarios at different scales, the role of spatial interactions between the structures of the studied systems (plants and stands explicitly described in 3D in a first phase, landscapes spatially described in a second phase) and their functions (acquisition and distribution of nitrogen and carbon assimilates in the first phase, biomass production, environmental losses and indirect emissions of nitrogen in the second phase). These studies showed the importance of taking account such interactions to improve the plant and stand management on one hand and the landscape and territoriy management on the other hand, in relation to the management of agriculural inputs and soil and climate forcings. My perspectives are to continue to contribute to researches aiming at better assessing the environmental impacts of agricultural activities, including the understanding and quantification of nitrogen flows and balances and structure-function relationships in agro-ecosystems at different scales. This work will be carried out at least initially on nitrogen flows in relation to carbon and water flows. They may be extended to other inputs (eg pesticides, organic waste products) or other major elements (eg phosphorus). My researches should lead to the production of tools and references (models, databases, agro-environmental scenarios) to test quantitatively (ie from mechanistic, process-based and integrated approaches), various changes in agro-ecosystems. The produced models will be tools to contribute towards proposing insights and recommendations to mitigate environmental losses of nitrogen and/or adapt production systems and territories to global change. My researches have also an applied objective, in the sense that the tools developed may become operational tools for managing nitrogen and space in agro-ecosystems. ; Confrontée aux besoins alimentaires d'une population croissante, l'agriculture mondiale doit faire face à de multiples enjeux (économiques, agro-écologiques, environnementaux, sociaux et sociétaux). Selon les estimations, il faudrait, pour répondre à ces besoins, que l'agriculture mondiale parvienne d'ici à 2050 à augmenter sa production de 70%, tout en continuant à fournir des services essentiels tels que la préservation de la qualité de l'air, des sols et des eaux, l'entretien du paysage ou le maintien de la qualité de vie en milieu rural. L'agriculture contribue à hauteur de 10 % aux émissions de gaz à effet de serre d'origine anthropique et est la première source d'intrants émis dans l'environnement. Une meilleure gestion des ressources, des intrants et des territoires, notamment les paysages, nécessite de mieux comprendre et évaluer les flux de matières, notamment l'azote, dans les territoires. L'hypothèse générale sous-jacente aux travaux présentés dans ce mémoire est que l'atténuation des pertes environnementales et la durabilité de l'agriculture et des agro-écosystèmes (économique, agro-écologique, environnementale, sociale, sociétale) nécessite de repenser leur structure, et ainsi leurs fonctionnalités, dans un contexte de changements globaux. Cette hypothèse générale a été testée dans plusieurs cas particuliers, mettant en œuvre différents contextes géographiques (donc politiques et socio-économiques), scientifiques et thématiques (donc disciplinaires et d'équipes) et à plusieurs échelles spatio-temporelles (de l'organe ou agrégat de sol jusqu'à la région en passant par la plante, le peuplement ou la parcelle, l'exploitation agricole, le paysage). Les recherches ont ainsi porté sur des systèmes complexes pour lesquels la modélisation est un outil d'investigation incontournable en complément des données issues d'expérimentations au champ ou en conditions contrôlées, d'inventaires ou d'enquêtes auprès des agriculteurs. Mes premières expériences en Aquitaine puis en Afrique sahélienne m'ont fait découvrir comment la recherche pouvait contribuer à une meilleure gestion des ressources (sylviculture, agriculture, agro-pastoralisme…) à des échelles régionales, en utilisant diverses méthodes de représentation des structures (télédétection et données satellitaires, systèmes d'information géographique) et d'analyse (modélisation, analyses statistiques de données) des fonctions de production de ces territoires. Les résultats de recherche obtenus ensuite dans plusieurs équipes de l'INRA et en collaboration inter-disciplinaire ont montré, à partir de modèles et de scénarios à différentes échelles, le rôle des interactions spatiales entre les structures des systèmes étudiés (plantes et peuplements décrits spatialement en trois dimensions dans une première phase, exploitations agricoles et paysages décrits spatialement dans une deuxième phase) et leurs fonctions (acquisition et répartition des assimilats azotés et carbonés dans la première phase, production de biomasse, pertes environnementales et émissions indirectes d'azote dans la deuxième phase). Ces travaux ont montré l'intérêt de tenir compte de ces interactions pour améliorer la gestion des plantes et des peuplements d'une part et des paysages et des territoires d'autre part, en relation avec la gestion des intrants et les forçages pédo-climatiques. Mes perspectives sont de continuer à contribuer aux recherches visant à mieux évaluer les impacts environnementaux des activités agricoles, notamment par la compréhension et la quantification des flux et bilans d'azote ainsi que des relations structures-fonctions dans les agro-écosystèmes à différentes échelles. Ces travaux seront principalement menés, au moins dans un premier temps, sur les flux d'azote, en lien avec les flux de carbone et d'eau. Ils pourront ensuite être étendus à d'autres intrants (e.g. pesticides, produits résiduaires organiques) ou d'autres éléments majeurs (e.g. phosphore). Ces recherches devraient aboutir à la production d'outils et de références (modèles, bases de données, scénarios agro-environnementaux) pour tester, de manière quantitative (i.e. à partir d'approches mécanistes, basées sur les processus, et intégrées), différentes évolutions des agro-écosystèmes. Ces modèles seront des outils pour aider à proposer des pistes et des recommandations pour atténuer les pertes environnementales d'azote et/ou adapter les systèmes de production et l'organisation des territoires aux changements globaux. Ces recherches ont aussi une finalité appliquée, dans le sens où les outils développés pourront aussi devenir à terme des outils opérationnels de raisonnement de la gestion de l'azote et de l'espace dans les agro-écosystèmes

Between 2009 and 2015, several rivers in the Doubs department were the scene of episodes of fish mortality. While, due to the sensitivity of fish to variations in water quality and climatic hazards, the first manifestations of this phenomenon were considered "normal" by some professionals in aquatic environments, the observations made during its repetition led many actors to recognize the disturbing nature of the situation. Summarizing the uncertainties and concerns about the sustainability of fishing practices and potential health risks in particular, this phenomenon has most often been explained by "river pollution".However, it appeared that such a qualification is insufficient because it "covers" under a single term the attempts at solutions put in place by the actors. This is why the challenge of this thesis is to discard the notion of "pollution" in order to better understand how they respond to the phenomenon of fish mortality. To this end, my work is based on a study of the grey literature produced on the situation, on the observation of the practices and interactions of heterogeneous actors with different or sometimes contradictory interests (fishermen, environmental advocates, officials of State and local authorities, farmers, experts, etc.), as well as on a series of interviews conducted with the latter. Developing an analysis of their practices and discourses, it proposes an examination of ways of understanding the phenomenon of fish mortality, as well as the measures devised and/or implemented to control it.Based on this empirical foundation, I thus intend to demonstrate that pollution is not an entity already present, waiting to be discovered, denounced for its action in order to be controlled, but a "political" solution to a problem faced in a dispersed order and in sometimes conflicting relationships by actors forced to engage in the resolution of a disorder in order to preserve their interests. In this sense, it is a means of delimiting a diplomatic contour in an attempt to contain a disorder.In this perspective, I analyse the conduct of different investigations through which they mobilise different resources not only to try to understand the causes of fish mortality episodes but also and above all, to control them in order to prevent their return and restore share prices. It then appears that the complexity of this phenomenon, the diversity of the issues it covers and its geographical size exceed the unique capacity for resolution that isspecific to each group (environmental associations, representative structures of the agricultural world, local authorities, public authorities, etc.) and require a collective but always uncertain activity to define the problem and its solutions.Putting this work in a socio-anthropological perspective, I also show that, beyond the search for causes, these investigations carry with them the risk of mutual denunciation and the attribution of responsibilities relating to the degradation of the quality of watercourses. From this point of view, I observe that if river advocates engage in a logic of accusations of agricultural activities and sanitation management leading to the opening of a conflict situation, experts mandated by government representatives conclude that the phenomenon is multifactorial and leads to a dilution of responsibilities. The situation then remains partly undetermined and the explanation by "river pollution" becomes a political solution, or even a "diplomatic tool" for a collective problem that is difficult to make sense of. ; Entre les années 2009 et 2015, plusieurs rivières du département du Doubs ont été le théâtre d'épisodes de mortalité piscicole. Si, en raison de la sensibilité des poissons aux variations de la qualité de l'eau et des aléas climatiques, les premières manifestations de ce phénomène ont été considérées comme « normales » par certains professionnels des milieux aquatiques, les observations réalisées lors de sa répétition ont amené de nombreux acteurs à reconnaître le caractère troublant de la situation. Résumant les incertitudes et les inquiétudes à l'égard de la pérennité des pratiques de pêche et de potentiels risques sanitaires notamment, ce phénomène a été le plus souvent expliqué par « la pollution des rivières ».Or, il est apparu qu'une telle qualification est insuffisante parce qu'elle « recouvre » sous un terme unique les tentatives de solutions mises en place par les acteurs. C'est pourquoi, le pari de cette thèse consiste à écarter la notion de « pollution » afin de mieux comprendre comment ils répondent au phénomène de mortalité piscicole. Pour ce faire, mon travail est basé sur l'étude de la littérature grise produite sur la situation, sur l'observation des pratiques et des interactions d'acteurs hétérogènes aux intérêts différents voire parfois contradictoires (pêcheurs, défenseurs de l'environnement, agents des services de l'État et des collectivités territoriales, agriculteurs, experts, etc.), ainsi que sur une série d'entretiens réalisés auprès de ces derniers. Développant une analyse de leurs pratiques et de leurs discours, il propose un examen des manières d'appréhender le phénomène de mortalités piscicoles, ainsi que des mesures imaginées et/ou mises en œuvre pour le maîtriser.À partir de cet ancrage empirique, j'entends ainsi démontrer que la pollution n'est pas une entité déjà présente, en attente d'être découverte, dénoncée pour son action en vue d'être maîtrisée, mais solution « politique » à un problème affronté en ordre dispersé et dans des relations parfois conflictuelles par des acteurs obligés de s'engager dans la résolution d'un trouble afin de préserver leurs intérêts. Elle est en ce sens, un moyen de délimiter un contour diplomatique pour tenter de contenir un trouble.Dans cette perspective, j'analyse la conduite de différentes enquêtes à travers lesquelles ces derniers mobilisent des ressources différentes pour non seulement essayer de comprendre les causes des épisodes de mortalité piscicole mais aussi et surtout, pour les maîtriser afin d'en empêcher le retour et rétablir des cours d'actions. Il apparaît alors que la complexité de ce phénomène, la diversité des enjeux qu'il recouvre ainsi que sa taille géographique dépassent la capacité de résolution singulière qui est propre à chaque groupe (associations de défense de l'environnement, structures représentatives du monde agricole, collectivités territoriales, autorité publiques.) et nécessitent d'engager une activité collective mais toujours incertaine de définition du problème et de ses solutions.Inscrivant ce travail dans une perspective socio-anthropologique, je montre également qu'au-delà de la recherche des causes, ces investigations portent avec elles le risque de la dénonciation réciproque et de l'imputation de responsabilités relatives à la dégradation de la qualité des cours d'eau. De ce point de vue, j'observe que si les défenseurs des rivières s'engagent dans une logique d'accusation des activités agricoles et de la gestion de l'assainissement débouchant sur l'ouverture d'une situation conflictuelle, les experts mandatés par les représentants des pouvoirs publics concluent au caractère multifactoriel du phénomène et conduisent à une dilution des responsabilités. La situation reste alors en partie indéterminée et l'explication par « la pollution des rivières » devient une solution politique, voire un « outil diplomatique » pour un problème collectif qui peine à prendre sens.

L'élevage est la seconde activité principale après l'agriculture au Niger. Cependant, ce secteur est confronté à d'énormes problèmes, notamment la faible productivité des animaux, le faible investissement, des problèmes d'alimentation et d'accès aux points d'eau, et divers problèmes sanitaires récurrents. Depuis l'indépendance du pays en 1960, plusieurs politiques ont été mises en œuvre pour améliorer la productivité des espèces et races domestiques locales. C'est ainsi que, la station expérimentale sahélienne de Toukounous a vu le jour, avec comme objectifs la sélection et la diffusion de la race Zébu Azawak auprès des producteurs ruraux. Les efforts de sélection ont abouti à l'obtention d'un animal standard bien adapté au contexte sahélien avec un niveau de production en lait acceptable. Le bétail laitier à travers le monde souffre énormément des problèmes sanitaires liés aux infections de la glande mammaire. La situation est la même à Toukounous malgré la proximité de services vétérinaires et para-vétérinaires. Cependant, au Niger de manière générale, les données sur les mammites sont rares et très peu de publications scientifiques sont disponibles. Une des possibles explications est la prévalence élevée de mammites sub-cliniques, mais faible de mammites cliniques. La présente étude est dès lors centrée sur les problèmes de mammites au sein de la station sahélienne expérimentale de Toukounous afin d'identifier : (i) les vaches souffrant de mammites cliniques et/ou subcliniques ; (ii) les principales bactéries pathogènes responsables ; et (iii) les virulotypes et profils de résistance aux antibiotiques des souches de Staphylococcus (S.) aureus isolées ; et afin de démontrer l'impact positif de l'application de mesures simples d'hygiène lors de la traite manuelle sur la prévalence de vaches avec mammite. De 2009 à 2012, l'ensemble des vaches en lactation des trois troupeaux de la station, à savoir « élites », « non-élites » et « primipares » ont été testées avec le « California Mastitis Test » (CMT). Ensuite, le lait de tous les quartiers des vaches ayant réagi positivement au test CMT a été prélevé pour réaliser des analyses bactériologiques au Niger. Les espèces bactériennes pré-identifiées au Niger ont ensuite été importées en Belgique (ULg-FMV) afin de procéder à une identification complète par des galeries API®. Les souches confirmées de S. aureus ont par la suite été étudiées pour leurs virulotypes (i) phénotypiquement pour la production de biofilm par mesure de la densité optique après croissance en milieu liquide en plaque de microtitration et pour la synthèse d'une capsule par un test ELISA ; et (ii) génétiquement par PCR ciblant des gènes codant pour différentes propriétés de virulence (adhésines, leucotoxines, entérotoxines, biofilm, et capsule) ; ainsi que pour leurs profils de résistance aux antibiotiques par le test de diffusion en gélose, ou antibiogramme. Ces mêmes souches ont été comparées par leurs empreintes génétiques après « Pulsed Field Gel Electrophoresis » (PFGE), ou pulsotypes, pour en étudier la clonalité au cours des 4 années de l'enquête et dans les 3 troupeaux. Enfin, l'impact de mesures d'hygiène (lavage et désinfection du pis, des trayons et des mains des trayeurs avant et/ou après chaque traite) a été évalué en 2011 et en 2012, en comparant la prévalence de vaches positives au test CMT et l'identité des bactéries isolées en présence ou en absence de ces mesures. Au cours de la première étude en 2009 sur la prévalence des vaches positives au test CMT et l'identité des bactéries mammopathogènes, 104 des 265 vaches (39%) testées dans l'ensemble des 3 troupeaux étaient positives au test CMT, bien qu'aucune mammite clinique n'ait été diagnostiquée. Les analyses bactériologiques ont identifié 55 souches bactériennes: la moitié (51%) appartient au genre Staphylococcus, essentiellement à l'espèce S. aureus (42%). Les autres bactéries identifiées appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae (26%) et aux genres Enterococcus (13%), Bacillus (9%) et Acinetobacter (2%). Des résultats similaires ont été obtenus en 2010, 2011 et 2012, bien que les pourcentages respectifs puissent varier selon l'année et le troupeau. Les résultats des tests phénotypiques et génétiques du virulotypage (études 1 et 3) des 122 souches de S. aureus isolées de 2009 à 2012 dans les trois troupeaux n'ont permis d'effectuer aucun regroupement. Par contre, les résultats des empreintes génétiques par PFGE sur ces mêmes souches ont montré qu'elles appartiennent à 16 pulsotypes différents, dont trois sont plus fréquents, A (33%), D (23%) et B (21%). Ces différents pulsotypes se distinguent, dans une certaine mesure, par la présence plus fréquentes des gènes icaA, spa et cap5H dans les souches des pulsotypes A et B ; des gènes cap8H, seg, sei et seb dans celles du pulsotype D ; et du gène luks-PV dans celles des pulsotypes B et D. Pour ce qui concerne les antibiogrammes des mêmes 122 souches (études 1 et 2 + résultats non publiés), des pourcentages élevés de souches résistantes de S. aureus, particulièrement aux -lactamines, ont été relevés. Ainsi, 41% des souches testées étaient résistantes à la pénicilline et 7%, à l'oxacilline. Mais, aucune souche résistante à la méticilline (SARM) ne possède le gène mecA. Les pourcentages de souches résistantes atteignaient 11% pour la tétracycline et la gentamicine, mais restaient inférieurs à 5% pour la clindamycine, l'association trimétoprime-sulfaméthoxazole et l'enrofloxacine. Pour la 4ème étude en 2011 et 2012, les mesures d'hygiène ont été appliquées pendant 6 mois : lavage du pis avant la traite, trempage des trayons avec de la chlorhexidine après la traite, et lavage et désinfection des mains des trayeurs avec une solution antiseptique à base d'hypochlorite de sodium. L'application de ces mesures a diminué de manière statistiquement significative les pourcentages de vaches positives au test CMT en comparaison avec les résultats dans les troupeaux et au cours des années sans application de ces mêmes mesures d'hygiène. En 2012, par exemple, les pourcentages de vaches positives au CMT dans les troupeaux « élite » et « non-élite » ont diminué de 65% et 62%, à 44% et 41% après trois mois d'application, puis à 20% et 24% après 6 mois d'application, respectivement. Par contre, ces mesures d'hygiène n'ont eu aucun effet statistiquement significatif sur les pourcentages relatifs des différents pathogènes identifiés. En conclusion, les mammites bovines sévissent essentiellement sous forme sub-clinique à la station sahélienne de Toukounous. Le genre Staphylococcus et l'espèce S. aureus sont les bactéries mammopathogènes les plus fréquemment identifiées. Les souches de S. aureus appartiennent à différents virulotypes et pulsotypes, bien que trois de ces derniers soient plus fréquents dans les trois troupeaux et au cours des quatre années de l'étude. Ces mêmes souches présentent différents profils de résistance aux antibiotiques, avec près de la moitié d'entre elles résistantes à des membres de la famille de -lactames. Enfin, l'application de mesures d'hygiène (lavage et désinfection du pis, des trayons et des mains des trayeurs) avant et/ou après la traite manuelle permet de réduire la prévalence des vaches positives au test CMT de manière statistiquement significative, mais n'a pas d'influence sur les fréquences relatives des bactéries pathogènes identifiées dans les laits.

For more than two decades, Burundi has experienced a resurgence of interest in agricultural cooperatives following the appeal of humanitarian partners aiming to reorient their intervention. In the regard, the Government has given a higher priority to the development of food crops to ensure the supply of the population from national productions. Considering its historical situation of recurring food insecurity, the province of Ngozi has since had a proliferation of agricultural cooperatives around food crops, as well as cash crops, mainly coffee. Most of them are involved in access to low-cost agricultural inputs, markets, agricultural micro-credits, natural resources, training and information. The objective of this study was to assess the impact of food crops cooperatives on the living conditions of rural households in Burundi, particularly in the province of Ngozi. The realization of this study covering a period from 2016 to 2019 combines three methods such as the documentary exploitation, surveys and interviews with different actors of the cooperative movement of Busiga and Gashikanwa communes in Ngozi province. The fist survey was conducted on 90 members randomly selected in cooperatives of three main organizations present in each commune. The second survey was carried out on a comparison group of 60 non-members, who were selected by using the purposive sampling technique in the same social group and geographical area as cooperatives' members. This study highlights various services offered by cooperatives to their members and to the surrounding community. Depending on their size, cooperatives are a preferred channel for supplying agricultural inputs and learning new farming techniques. The valuation of production (storage, processing, sale and inventory credit) is part of their concern. Facing the challenge to get agricultural financing, the cooperatives are innovating alternatives for accessing small loans. Under of mutual solidarity, members organize a kind of community health insurance. For some, cooperative members benefit from regular training on hygiene, small entrepreneurship, environmental protection, peaceful cohabitation, etc. Regarding of the impact assessment, the analysis shows that cooperatives have effects on the majority of aspects of the living conditions of their members. At the production level, the statistical test shows a significant difference in the yields of bananas between the two groups (p = 0.075) at the significance level of 10%. The impact corresponds to an average yield increase of 640 kg / ha per member household. Considering that the banana is an important crop in consumption and especially in commercialization; the increase in its production brings relatively high income to households, especially in member's. In the process, the storage also allowed the cooperative members to have a capital gain on the production and an inventory credit. Regarding of the livestock, the impact is estimated at an average increase of 0.40 cattle and 0.46 goats per household of members. This situation expresses a great opportunity for fertilization, a social esteem and a wealth with an average value of 160,000 BIF (cattle) and 46,000 BIF (goat) The comparative analysis reveals a significant difference between the average amounts of loans taken out by the two groups. The average difference of 28,500 BIF would therefore constitute an impact induced by membership in cooperatives. Regarding of the habitat, the difference is significant for the quality of materials of the walls, access to safe water and the quality of latrines. Indeed, the impact corresponds to a 13% decrease in the level of possession of houses whose walls are built with wood covered of mud, a 9% decrease in the level of unsafe water consumption and a 7% increase in the level of possession of fitted latrines among members. In this respect, members appear less exposed to precarious hygienic conditions than non-members. In addition, the mutual health insurance within the cooperative offers them financial and physical accessibility to health care. The difference is also significant in the number of houses owned by households. The impact obtained is 0.5 houses corresponding to an additional number of houses owned by a household of cooperators. In relation to the equipment of the house, the impact appears in the possession of the cupboard and the dining room. An additional house and the possession of "complementary" equipment would enhance the comfort of a household. For the other material means, the impact appears in the possession of the bicycle and the radio in the households of the members. The bicycle plays a major role in the speed and cost of activities carried out in the households and the radio allows them to be constantly informed. The analysis of early school leaving reveals an impact corresponding to an average decrease of 0.15 school dropouts in member households. Although the difference is small, the 15% drop in eating just one meal per day among the low-income group could also be an impact. Coming out of the crisis, the cooperatives have succeeded in gathering together people living on the same hills around a common ideal. The social harmony observed in farmers' cooperatives studied is reflected in mutual aid in many situations. ; Depuis plus de deux décennies, le Burundi a connu un regain d'intérêt pour les coopératives agricoles à la suite de l'appel des partenaires humanitaires visant à réorienter leur intervention face à la dégradation des conditions de vie de la population rurale. Dans la foulée, le gouvernement a accordé une très haute priorité au développement des cultures vivrières pour assurer l'approvisionnement de la population à partir des productions nationales. Au regard de sa situation historique d'insécurité alimentaire récurrente, la province de Ngozi a dès lors subi un foisonnement des coopératives agricoles autour des cultures vivrières. La majorité des coopératives sont impliquées dans l'appui à la production, l'accès et la gestion des intrants, le stockage, la transformation, l'accès au crédit, la mutualisation de l'assurance-santé et la recherche des marchés. L'objectif de cette étude était d'évaluer l'impact des coopératives agricoles des cultures vivrières sur les conditions de vie des ménages ruraux au Burundi, notamment dans la province de Ngozi. Cette étude qui s'étend sur une période de 2016 à 2020, a privilégié l'approche terrain par la réalisation d'enquêtes auprès des paysans membres des coopératives et ceux n'appartenant à aucune organisation paysanne et d'entretiens formels et informels avec les divers acteurs de la coopération agricole. Les enquêtes ont été conduites dans un premier temps sur un échantillon de 90 membres aléatoirement choisis dans six coopératives de cette province, spécialement dans deux communes, Busiga et Gashikanwa, et dans un deuxième temps, sur un groupe témoin de 60 non-membres sélectionnés dans le même groupe social que les premiers. Cette étude met en lumière les services offerts par les coopératives à leurs membres et dans une certaine mesure à la communauté environnante. En fonction de leur taille, elles constituent un canal privilégié pour l'approvisionnement en intrants agricoles et l'apprentissage de nouvelles techniques culturales. La valorisation de la production (stockage, transformation, vente et warrantage) fait partie de leurs préoccupations. Face aux défis de l'accès au financement agricole, les coopératives innovent des alternatives d'accès aux petits crédits. Avec la solidarité mutuelle, qui est d'ailleurs le socle de la coopération, les membres se cotisent pour constituer un dispositif d'assurance santé communautaire. Les coopérateurs bénéficient aussi des formations sur l'hygiène, le petit entrepreneuriat, la protection de l'environnement, etc. Dans l'évaluation de l'impact, les résultats montrent que les coopératives exercent des effets sur la majorité des aspects de conditions de vie de leurs membres. Au niveau de la production, le test statistique montre un écart significatif des rendements (kg/ha) de la banane entre les deux groupes (p = 0,075) au seuil de 10%. L'impact correspond à une augmentation moyenne du rendement de 640 kg/ha par ménage des membres. Vu que la banane est une culture importante dans la consommation et surtout dans la commercialisation, l'augmentation de sa production apporte un revenu relativement élevé. Dans la foulée, le stockage permet aux coopérateurs de bénéficier d'une plus-value de la production et d'obtenir un crédit warrantage. Pour ce qui est de l'élevage, l'impact s'évalue à une augmentation moyenne de 0,40 bovin et de 0,46 caprin par ménage des membres. Cette situation dénote une détention de richesse (épargne en nature) d'une valeur moyenne de 160.000 Fbu (bovin) et 46.000 Fbu (caprin); ce qui leur confère également une forte estime sociale et une grande opportunité d'acquisition de fumier relativement plus importante. L'analyse comparative révèle un écart significatif entre les montants moyens de crédits contractés par les deux groupes. L'écart moyen de 28.500 Fbu constituerait donc un impact induit par l'adhésion dans les coopératives. En ce qui concerne l'habitat, l'écart est significatif pour la qualité des matériaux des murs, l'accès à l'eau potable et la nature des latrines. En effet, l'impact correspond à une baisse de 13% du niveau de possession des maisons à murs en pisés, une diminution de 9% du niveau de consommation d'eau non potable et une augmentation de 7% du niveau de possession de latrines aménagées chez les membres. Si bien que l'écart n'est pas significatif pour la nature du sol, le niveau de possession des maisons en terres battues est en baisse de 9% au profit des sols cimentés. A cet égard, les membres paraissent moins exposés aux risques d'accident et aux conditions d'hygiène précaires que les non-membres. De plus, la mutualisation de l'assurance maladie au sein de la coopérative leur offre une accessibilité financière et physique aux soins de santé relativement élevée. L'écart est aussi significatif quant au nombre de maisons en possession dans les ménages. L'impact obtenu est de 0,5 maison correspondant à un supplément de maisons possédé par un ménage des coopérateurs. En rapport avec les équipements de la maison, l'impact apparaît dans la possession de l'armoire et de la salle à manger. Une maison supplémentaire et la possession des équipements dits « complémentaires » permettent de renforcer le confort d'un ménage. En rapport avec la possession d'autres moyens matériels, l'impact apparait dans la détention du vélo et de la radio dans les ménages des membres. Le vélo joue un rôle majeur au niveau de la rapidité et du coût des activités exercées dans le foyer et la radio leur permet d'être constamment informés. L'analyse du décrochage scolaire révèle un impact correspondant à une diminution moyenne de 0,15 abandon scolaire dans les ménages des membres. Quoi que l'écart soit minime, la baisse de 15% dans la prise d'un seul repas par jour dans le groupe des membres de la catégorie à faible revenu pourrait aussi constituer un impact. À la sortie de la crise, les coopératives ont réussi à rassembler des personnes vivant sur les mêmes collines autour d'un idéal commun. L'harmonie sociale observée dans les coopératives étudiées se traduit par l'entraide dans de nombreuses situations.

Diffusion du document : publique Diplôme : Dr. d'Universite ; The French government has committed itself to an ambitious target of boosting the offshore wind power capacity to reach 6 GW by 2020. Wind turbines onshore as well as offshore are highly contested on visual grounds. Affected stakeholders, ranging from business and property owners, fishermen and elected municipal planners, fear significant negative economic impacts on their 'business' or their 'property'. In the French Mediterranean region of the Languedoc Roussillon, the expectation is that the tourist industry will be chagrined in the presence of an offshore wind farm – giving a windy and cemented image of the region. Since talks began about 10 years ago, on the potential for 'harvesting' the winds of the Mediterranean Sea, many postulates have been made with regard to the impact on coastal tourism. In particular, resistance mounted when plans to include the Languedoc Roussillon in the 2011 tender for the construction of 2 GW wind power capacity were materialising. In this light, it was considered of pertinence to investigate how offshore wind farms, installed at realistic distances from the coast (5, 8 or 12 km), would affect coastal tourism. Additionally, it was considered of interest to help define strategies that coastal community resort may adopt to boost visiting numbers or profit margins with or without wind farms. To answer these questions a full-scale choice experiment valuation survey with over 350 tourists was undertaken in the summer of 2010 on Languedoc beaches. Our survey results show (in chapter 3) that average visual disamenity costs tends to zero, when an offshore wind farm is installed somewhere between 8 and 12 km from the shore. We also find that there is considerable demand for "sustainable" coastal community resorts that favours local produce, bicycling, public transport, energy and water saving devices. Thus, our estimates show that a wind farm installed 8 km from the shore could be 'compensated for' through the simultaneous 'greening' of the coastal community resort. If in addition a wind farm is associated with artificial reefs and recreational user access, our results point to an actual rise in tourist related revenues when the wind farm is located min. 5 km from the coast. The policy recommendation is thus two fold: Everything else equals, a wind farm located 12 km offshore will have no negative incidence on tourism. With simultaneous application of a coherent environmental policy and wind farm associated recreational activities, wind farm siting can be conceived from 5 km and outwards. In a latter stage (chapter 5) we explicit account for the well-established fact that humans' over-estimate losses compared with equal-sized gains, in our econometric estimations. By incorporating so-called gain-loss asymmetry in the utility function, we observe that the WTP to remove wind farms had they already been installed is half the compensation required to accept their presence during a vacation. The disamenity costs associated with wind farm installation are thus of a significantly smaller magnitude had the wind farms already been installed. On the other hand, the welfare benefits associated with eco-efficiency and wind farm associated recreational activities are larger had they already been invigorated. The verdict is that asymmetry should be accounted for, or at least recognised in stated preference valuation studies that simultaneously use utility increasing and utility decreasing attributes. Finally, the thesis highlights (in chapter 4) that it is not only relevant to understand how the tourist industry and Languedoc service sector may be affected by the installation of offshore wind farms. It is similarly relevant to gain an insight into the wider factor governing public acceptance of offshore wind farm projects. In that regard the thesis provides evidence that there has been an excessive and not very constructive focus on NIMBYism as a mean to explain resistance to wind farm proposals. A large range of factors drives preferences for or against the installation of offshore wind farms - these have a direct bearing on the visual evaluation of wind turbines in the seascape. We find that concerns over the efficiency and costliness of wind energy and localized consequences on noisescape, seascape, fauna and flora, exacerbates disamenity costs. Climate change concern and aversion to traditional fuels on the other hand serve to lessen disamenity costs of wind farm installation. Similarly, respondents with a higher education also experiences a smaller disutility costs from the presence of wind turbines. Finally, it is noteworthy that nationality stands out as the single most important socio-demographic determinant of preferences for/against the installation of wind farms. This alerts us about the degree to which nation specific energy policies, social norms, and lobbying may be part of leading to widely divergent evaluations. Conclusively, preferences for the siting of energy producing facilities are inherently and deeply heterogeneous. This heterogeneity can fruitfully be addressed in valuation studies to help design efficient, sustainable policies and define dynamic responses to these. ; Le gouvernement français s'est engagé sur un ambitieux objectif de développer l'éolien offshore pour atteindre une capacité de 6 GW d'ici 2020. La construction d'éoliennes terrestres, tout comme les éoliennes offshore, est très contestée en raison de leur impact visuel sur le paysage. Dans la région française du Languedoc Roussillon, les acteurs concernés (industrie touristique, commerces, pêcheurs, élus locaux), craignent que la construction de parc éoliens offshore aie des effets néfastes sur le tourisme, en donnant à la région une image industrialisée et « bétonnée ». Jusqu'à présent, en mer du Nord, il n'a jamais été mis en évidence que la construction de parcs éoliens offshore ait réellement affecté l'attractivité touristique des côtes environnantes. On peut se demander si ce constat peut être extrapolé à la cote méditerranéenne. Depuis une dizaine d'années, lorsqu'ont débuté les débats sur la possibilité d'exploiter les vents méditerranéens, beaucoup de préjugés sont apparus sur l'impact potentiel négatif que cela pourrait avoir sur le tourisme. La réticence a d'autant plus augmenté lorsque le Languedoc Roussillon a été inclus dans le zonage de l'appel d'offre concernant la construction de 2 GW de parcs éoliens. Il était donc pertinent de mener une enquête auprès des touristes du littoral pour évaluer comment l'installation de parcs éoliens, installés à des distances réalistes des côtés, pourrait affecter le tourisme balnéaire. Par ailleurs, il était également intéressant de proposer des stratégies que les stations balnéaires pourraient adopter pour augmenter le nombre de touristes et leurs profits, avec ou sans parc éolien. Pour répondre à ces questions, une enquête d'évaluation mobilisant la méthode des « choice experiment », a été réalisée durant l'été 2010, auprès de plus de 350 touristes, sur les plages languedociennes. Les résultats de cette enquête, présentés au chapitre 3, montrent que les coûts liés à la nuisance visuelle s'annulent lorsque le parc éolien est installé à des distances comprises entre 8 et 12 km de la côte. L'enquête a également mis en évidence une forte demande pour la mise en place de démarches éco responsable (favorisant les produits locaux, le vélo, les transports publics et les économies d'eau et d'énergie) par les stations balnéaires. Ainsi, nos résultats montrent que la nuisance vécue par l'installation d'un parc à 8 km de la cote serait compensée par la mise en place simultanée d'une « démarche verte ». Par ailleurs, la construction de récifs artificiels associé au parc éolien, qui permettrait l'accès à des loisirs récréatifs (plongée sous marine par ex.) générerait, d'après nos résultats, une augmentation des dépenses des touristes, si ce parc était installé à une distance d'au moins 5 km de la côte. De nos résultats émergent deux principaux constats : - L'implantation d'une éolienne à 12 km de la côte, sans aucune évolution de la station par ailleurs, n'aurait pas d'incidence négative sur le tourisme. - Si la station balnéaire met simultanément en place des actions environnementales et des activités récréatives, le parc éolien peut alors être conçu à partir d'une distance de 5 km de la côte. L'écart entre le Consentement à Payer pour un bien et le Consentement à Recevoir une compensation pour renoncer à ce même bien est un phénomène très largement mis en évidence en économie de l'environnement. Dans une seconde partie de la thèse, nous prenons en compte dans nos estimations économétriques cet écart entre les pertes et des gains dans la fonction d'utilité. En tenant compte de cette asymétrie, nous estimons une réduction de moitié de la nuisance vécue par rapport aux éoliennes si le parc éolien est déjà installé. D'un autre côté, les bénéfices liés aux activités récréatives et à une démarche éco responsable sont perçu comme plus élevés si ces activités étaient déjà mises en place. La thèse démontre également la nécessite de prendre en compte des facteurs globaux influençant l'acceptation publique de ces parcs. Traditionnellement, le syndrome NIMBY , a été utilisé comme le composant explicatif principal pour expliquer la résistance aux futurs projets de parcs. Cependant, un grand nombre de facteurs influence directement les préjugés et donc la « perception visuelle » des parcs éoliens. D'une part, certains facteurs aggravent la nuisance vécue tels que les préoccupations relatives à l'efficacité énergétique des éoliennes, leur coût énergétique, leurs conséquences en terme de nuisance sonore, leur impact sur le paysage, la faune et la flore locales. D'autre part, des facteurs comme la préoccupation relative au changement climatique associée et l'aversion pour les énergies fossiles et le nucléaire diminuent la nuisance vécue par rapport aux éoliennes. Les répondants qui ont un niveau d'études élevé ont également une nuisance vécue moins importante concernant la présence d'éoliennes. Finalement, on remarque que le facteur le plus déterminant parmi les variables socio démographiques impactant sur la position favorable ou non pour la présence d'éoliennes est la nationalité : les ressortissants des pays du nord de l'Europe y sont plus favorables que les français. Cela nous alerte sur l'importance de l'impact des politiques énergétiques, des normes sociales et du lobbying sur les évaluations. En conclusion, les préférences pour l'emplacement des sites de production énergétiques sont profondément hétérogènes. Cette hétérogénéité peut être mise en évidence par le biais d'études d'évaluation économiques et ainsi apporter des réponses pertinentes pour la mise en place de politiques efficaces et durables.